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某天地球上空出现了无数网球大小的孢子，这些孢子飘落到物体上便裂开，外表像蛇的生物从孢子中爬了出来。
其中一条“蛇”爬进了一间屋子里，并逐渐向一名熟睡的男子头部接近，然后从男子的耳孔爬入。男子随即惊醒，并且无法自制地五官扭曲，从口中发出“格格”的怪声。妻子因男子的怪异行为而惊醒，询问发生何事。而此时男子便静静地睡着了，不再有痛苦的表情或怪声，妻子也不再深究，不久亦入睡。
镜头一转，故事的主人公——平凡的高中生泉新一正在床上听着随身听，此时有一条“蛇”从窗外悄悄爬进屋中。但因为新一戴着耳机，“蛇”决定从鼻孔进入新一的头脑。新一因为有异物钻进鼻孔而打了个喷嚏，看到“蛇”的时候吓了一跳，并打算以报纸把那条“蛇”打死。正当新一全神贯注防备时，那条“蛇”突然跳向新一的头部，他本能地以右手阻挡，“蛇”于是钻进新一的右手里，并不断往上爬，新一立即以耳机的电线捆着手臂，阻止“蛇”的行动。就在这时，被新一房里的声响吵醒的父母走进房间，他们对新一所说的有蛇钻进他手中表示怀疑。新一亦在此时发觉右手已无异样，不觉得痛，因此也上床就寝。
到了早上，镜头回到被“蛇”钻进耳朵的男子，只见他在镜子面前，不断做着各种各样的奇怪表情。不久妻子叫他要吃早饭再去上班，该男子突然双手按著妻子肩膀，口中慢慢地吐出“吃…早…餐…”三字。只见男子的头部突然裂开，宛如盛开的百合，带着成排的尖牙，整个朝妻子咬噬而去，妻子顿时身首异处，血花四溅。
镜头回到右手被入侵的新一，自学校回家的途中，他的右手也开始变得怪异，例如自行变换形状、不听使唤地四处扰人等等。右手甚至在电车上惹火了一群不良少年，又自动把他们全部收拾了，新一感到异常惊愕。回到家后，他尝试以小刀插向右手，却发觉右手已没了感觉，而在此时，右手的食指和中指之间突然裂开，变成了一张淌血的嘴，中指和无名指变成了眼睛，那“右手”甚至口吐人言：“遗憾…我…右手…失败了。”新一问道自己的右手在哪，那生物表示右手被它吃掉了，新一打算再次以小刀攻击它时，它动作利落地把小刀接下并把部分刀片折了下来，射向新一背后的天花板，吓得新一浑身颤抖。它告诉新一自己还不太会说话，希望新一教他。
从此开始，新一就与这奇怪的生物共存，虽因无法向任何人吐露真相而非常困扰，他与这生物之间的关系却也渐渐起了微妙的变化。同时，这生物的同类也接连出现在他们面前……
故事主要叙述海棠晴和海棠零两养兄弟纠结的爱情日常。还是高中生的海棠晴在暑假时，因离异多年未见的生母春子诓称病笃而自日本飞奔加拿大，结果在那里突然迎来了生命中的另一位弟弟零。零身世不明，本来是个谁也无法管束的野孩子，晴的温柔和坚毅最终成功打开了零的心扉，两人甚至约定好将来要一起居住日本。夏末，归国的晴却遇上车祸，同车的生父和后母双亡，晴失去了整个夏天的回忆，家庭破裂，兄弟分离，心里也留下了创伤。
五年后，零信守约定越洋而来。高中退学成为牛郎的晴，突然受律师柏木干子知会，其户籍中除双胞胎弟弟亚树、莳麻外，父母生前还领养了一个弟弟。疑惑不安的晴和不谙世事的零经历一番波折的磨合后，零一度放弃回到加拿大，恢复了部分记忆的晴随后紧追而去，两人在加拿大共度一年后才回返日本。零在日本初中毕业并升上私立名校苍陵高校的同时，在晴的努力下，海棠家迁入向柏木律师租借的新居，至此晴终于一偿宿愿，使四兄弟同居一屋檐下。放弃牛郎事业的晴，为顺便照顾长不高的零的饮食，选择在新居所经营新咖啡厅“CAFE & BAR WHITE FANG”的白天时段维生。
渐晓人事又进入青春期的零，和晴从亲吻开始，逐渐超越养兄弟的情分，两人的感情不断遭遇小矛盾和危机时，周围的人温柔接纳并守护他们的感情。在故事主轴外，晴和零的亲朋好友们也分别陷入各种不同的情感混乱和烦恼。
《JoJo的奇妙冒险》描述英国贵族乔斯达家族与邪恶的吸血鬼迪奥·布兰度(DIO)及其后继者之间长达一世纪以上的壮大对决。目前连载至第八部，每一部的主角、主题和故事舞台都不同。每一部的主角都是以“乔乔”(JoJo)作为昵称，而第五部主角虽有日本人血统，但身在意大利，现代标准意大利语中并没有“J”，因此采用“GioGio”。
第一部《幻影血脉》
收录于单行本第1卷至第5卷。舞台是1888年的英国。乔纳森·乔斯达是以绅士为目标的青年贵族。下层阶级出身的迪奥·布兰度(DIO)企图夺取其家产，他谋害乔纳森的父亲，并戴上具有特殊力量的石鬼面，变成吸血鬼。乔纳森为了打倒他，向神秘的绅士齐贝林学习波纹气功。乔纳森最终击败迪奥，与迪奥一起沉入大西洋。
第二部《战斗潮流》
收录于单行本第5卷至第12卷。舞台是1938年的美国。乔纳森的孙子乔瑟夫·乔斯达，天生具有波纹能力。1938年，他卷入了与古代超级生物“柱之男”的战斗，结识了齐贝林的孙子西撒，并接受波纹高手莉莎莉莎的训练。在击倒了柱之男后，乔瑟夫得知了自己的身世并结婚成家。
第三部《星尘远征军》
又称“星尘斗士”， 收录于单行本第13卷至第28卷。舞台是1987年。乔纳森与DIO死斗后一百年，DIO从大西洋中苏醒。同时，乔瑟夫的外孙空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力，DIO的复活令承太郎的母亲陷入病危，为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与他的伙伴们展开为期五十天的旅程，从日本出发，前往埃及并打倒DIO。
第四部《不灭钻石》
收录于单行本第29卷至第47卷。舞台是1999年的日本夏天。乔瑟夫的私生子东方仗助居住在日本小镇“杜王町”，这里有许多看似平凡的居民，但他们其实拥有替身能力，仗助接连地与这些不可思议的人相遇，其中包括了一名潜藏在小镇里的连续杀人狂——吉良吉影。为了守护杜王町，仗助展开和吉良吉影的战斗，最终杜王町重归和平。
第五部《黄金之风》
收录于单行本第47卷至第63卷。舞台是2001年的意大利。围绕在DIO的儿子——乔鲁诺·乔巴拿的故事。乔鲁诺·乔巴拿因误杀一个流氓，而遭到黑手党的追查，他却企图加入这个流氓组织，成为一位“流氓巨星”(Gang Star)。他加入了黑手党后，与伙伴们一边执行任务，一边企图找出黑手党的幕后老大——迪亚波罗并打败他，乔鲁诺在最后成为黑手党新任首领，并扫荡意大利的毒品交易。
第六部《石之海》
收录于单行本第64卷至第80卷。舞台是2011年的美国，空条承太郎的女儿——空条徐伦与男友车祸肇事逃逸，但只有她被捕入狱，承太郎在营救徐伦逃狱时，遭到敌人的攻击，徐伦为了拯救父亲，用替身能力与她的敌人不断地战斗，同时渐渐发现到自己的入狱是遭到DIO的好友——普奇神父的精心设计。故事最后，普奇神父运用他的替身能力加速世界改变了整个宇宙，让乔斯达家与DIO的斗争告一段落。
第七部《飙马野郎》
收录于单行本第81卷至第104卷。舞台是1890年美国，横跨北美大陆的超长程赛马“STEEL·BALL·RUN”即将展开，为了夺得冠军，操作铁球的神秘骑手杰洛·齐贝林参加了比赛，而曾是天才骑手、却因为事故而瘫痪的乔尼·乔斯达，为了从杰洛身上得到能使他瘫痪的下半身行动的秘密，一起参加了比赛。在过程中，他们渐渐发现隐藏于这场比赛真正的意图——美国总统法尼·瓦伦泰打算利用此赛事来收集圣人遗体并使美国强大，而乔尼为了回归下半身健全的生活，开始和各路参赛选手争夺圣人遗体。
第八部《JoJolion》(连载中)
目前已收录于单行本第105卷至第126卷。舞台是2011年，住在日本杜王町的平凡少女广濑康穗在一处泥巴坑中发现一名拥有替身能力的失去记忆的男子，事后该男子被东方家收养并命名为“东方定助”，为了找回失去的记忆，东方定助开始了他的旅程。
统一组织“ACCA”管理著分为13个自治区的多瓦王国近100年之久。本部监察课副课长吉恩·奥塔斯，别称“蹭烟的吉恩”，负责走遍13区进行视察。盯上他的视线和与他有关的传闻，却开始浮上水面。吉恩的和平日常，慢慢被卷入王国的阴谋!
强盛的帕尔斯王国，因为连接东西方的大陆公路贯穿王国，故其文化和经济都非常繁盛，王都——叶克巴达那更是可以媲美东方“绢之国”首都的繁荣。但在帕尔斯历320年，帕尔斯被西方蛮族“鲁西达尼亚”入侵，本来不费吹灰之力便可获胜的帕尔斯，却因为其中一名万骑长的叛变，在平原“亚特罗帕提尼”的会战中惨败，大陆强国竟在一日之间陷入亡国的边缘。
败走的帕尔斯国王安德拉寇拉斯三世，在逃亡之际为一名戴着银假面的骑士所捕。而第一次出征的王太子亚尔斯兰，在忠臣兼猛将达龙的协助下从混乱的战场中死里逃生，最后到了巴休尔山找寻不被国王所重用的那尔撒斯。王太子亚尔斯兰在一智一勇的二人，以及其他投奔麾下的忠臣辅助下，踏上了艰苦的复国之路……