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原本对围棋一窍不通的小学六年级学生进藤光，在爷爷家的仓库翻找发现古老的围棋棋盘，进藤光因能看到棋盘上本因坊秀策(虎次郎)的血渍，被藏身在棋盘内的古代棋手藤原佐为的灵魂附身。藤原佐为是平安时代的天才棋士，因被对手作弊陷害含冤投水自尽，为了达到神乎其技的境界，在世上徘回千年，等待再次下棋的机会。
为了满足佐为下棋的欲望，光特地带佐为到碁会所下棋，因而打败了同龄的天才棋士塔矢亮。塔矢亮是围棋界第一人名人塔矢行洋的儿子，自小受到父亲的指导，棋力远超同侪，堪比职业棋士，但他却败于受佐为指挥的进藤光。受此打击的亮，为了要追赶进藤光(佐为)，努力磨练自己的棋艺。光被亮认真的态度激励，从而对围棋产生兴趣，在佐为的指导与修练下，进入职业围棋界，然而佐为下棋的机会却因此而变少。
为此，阿光让佐为使用“sai”为网名下网络围棋，sai的名气越来越响亮，在塔矢行洋因病住院期间，sai和塔矢行洋对弈并获胜，但在棋局结束后，光却发现了唯一一个可以让塔矢行洋反败为胜的棋路，佐为领悟到自己就是为了让光看到这盘棋，才在世上徘徊千年之久，不久后便消失了，光因此而放弃围棋。在各人鼓励和引导下，光终于发现佐为的棋艺已融入在他棋艺之中。在职业围棋里面，光继续跟不同的高手对弈，且与塔矢亮共同追求神乎棋技的境界。