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在过去的一场大战中，传说的英雄小双侠打败了恶党杜伦布贼党赢得了胜利，并将骷髅兵卫和多龙芝三人组放逐至边疆，之后为了世人的安全而在北国建立了双侠王国，但随着时间过去，双侠王国已变成一个排外且不允许外人随意接近的封闭国家。

经过多年以后，在双侠王国外海的边境地区，一名九岁的少女，同时也是身为多龙芝后代子孙的蕾帕特，注视着代表正义的一方“小双侠”所统治的“双侠王国”，为了想要治好生病的母亲而想要向小双侠求助，而与世代服侍自己家族的伯尔特卡切和艾列潘图斯企图前往双侠王国，但难以预料的是海上出现了巨型的铁墙阻挡了他们，并出现了酷似小双侠的二人组(小双侠兵)将他们给拒之墙外，而且还毫不留情的对他们开枪，使得蕾帕特一伙人不但无功而返，母亲也因为等不到特效药而病逝。

经过这次失去母亲的伤痛后，本来对小双侠颇为景仰的蕾帕特对小双侠的正义使者传说产生了怀疑，认为也许小双侠才是真正的坏人，而身为祖先的杜伦布贼党才是为了对抗他们的存在的正义使者，而继承了祖先的名字“多龙芝”，与身为祖先部下伯亚基的子孙伯尔特卡切，以及另一个部下东兹拉的子孙艾列潘图斯，以打倒小双侠的后裔为目标重组了的新生杜伦布贼党。

各集列表

主角变更

本作的世界观与过往不同，舍弃了时空母舰系列惯例中以主角双人组对决敌方三人组的设定，而是将主角换为敌方三人组，而本次的反派设定改变为“杜伦布贼党一伙的末裔”。

声优变更

在过往时空母舰系列中，都会按照惯例请小原乃梨子、八奈见乘儿和立壁和也来为敌方的三人组配音，本作也舍弃了此惯例，将“杜伦布贼党一伙的后裔”的配音全面更换，让喜多村英梨、平田广明和三宅健太来为“新生杜伦布贼党”配音，而因为喜多村英梨之前就有为格斗游戏‘龙之子 VS. CAPCOM’中的小双侠一号配音的经验，所以获选为本部动画女主角蕾帕特的配音者。

另外敌方三人组的上司“骷髅兵卫”，为原作与2008版本配音的泷口顺平已于2011年去世，所以本代配音也换成了堀裕人。

善恶立场逆转

小双侠所建立的双侠王国在经过世代更替后，与杜伦布贼党的善恶立场对调，其后裔也变为反派。而正反派两方的立场逆转在时空母舰的第八部作品《怪盗小双侠》中已有前例，而自本作开始再次使用。