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时值日本大正时期。名为灶门炭治郎的平凡农村少年，靠着卖炭来维持一家的生计。某天他下山去卖炭，回家时天色已暗，好心的三郎爷爷便留他住了一晚。隔天他回到家却发现家人全都遭到残杀，只剩妹妹祢豆子幸存，但是妹妹已变成鬼。被绝望的现实打垮的炭治郎，为了让妹妹变回人类并讨伐杀害家人的鬼，决心沿着“鬼杀队”的道路前进。
设定
故事背景为日本大正时代，描述主角为了寻求让被变成鬼的妹妹恢复为人类的方法，踏上斩鬼之旅。平安时代一名罹患绝症的青年鬼舞辻无惨在受到一位医师的治疗后成为“鬼”，鬼虽具有超长寿命和强悍的身体能力，但却必须以人为食，且若受阳光照射则会致命。无惨希望找到能够克服阳光的方法，便制造许多手下。旗下实力强大的十二只鬼会被授予“十二鬼月”的称号，强大的鬼可使用异能“血鬼术”。
另一方面，人类为了对抗鬼的威胁，由与无惨有血缘关系的产屋敷一族的首领产屋敷耀哉所率领而组成鬼杀队，成员有数百人，最高等级的称为“柱”，成员间以会说人话的乌鸦“鎹鸦”互相联络。剑士使用日轮刀与鬼展开对战，卓越的剑士可以使用“呼吸法”，此种呼吸技巧的始祖是一度将鬼舞辻无惨给逼上绝路的剑士继国缘壹所开创的“日之呼吸”，下分为十四种流派，使用后能让身体能力大幅提升。
剧情大纲
时值日本大正时代，有一位名叫灶门炭治郎的农家少年，他在身为一家之主的父亲过世而且家中还有母亲及一群年幼弟妹的情况下，继承亡父所留下的炭业工作支撑一家七口在山上过著卖炭的朴实生活，原本这种幸福的生活会永远持续下去，某天炭治郎做完生意返家时天色已暗，一位居住在山中的男子三郎要求炭治郎待在他家中居住一晚，还跟炭治郎解释有鬼出没的消息。起初炭治郎以为鬼不会存在，直至隔天早上他返家后发现他的家人惨遭杀害身亡多时，而大妹祢豆子虽然幸存可是却变成鬼。鬼杀队的成员富冈义勇见状后本欲斩杀祢豆子，但他在见识到炭治郎兄妹俩的亲情后推荐他去拜住在狭雾山山脚的鳞泷左近次为师，炭治郎经过两年的训练学会对抗鬼的方法通过考验加入鬼杀队。祢豆子因鳞泷的暗示而把所有人类当作家人和必须保护的对象，协助炭治郎对抗伤害人类的恶鬼。
炭治郎在接踵而来的任务中击败多个鬼，并且与鬼的首领、也是杀害自己的家人并且把妹妹祢豆子变成鬼的凶手无惨首次接触，也认识与无惨产生对立的鬼珠世与她建立合作关系。炭治郎在结识同伴我妻善逸和嘴平伊之助后前去支援与下弦之伍的对战。他在陷入恶战之际使出他家所祖传的“火之神神乐”以及祢豆子觉醒的血鬼术一度扭转颓势，最终在义勇助阵下取胜。不过长期带著鬼一同行动，违反队规的炭治郎跟祢豆子被押送往产屋敷耀哉的宅邸进行审判，不过他们已经被产屋敷给认可继续为鬼杀队效命。炭治郎等人在恢复后接受特训，后在于列车、花街、铸刀师之村的多场战斗中与十二鬼月对上，尽管斩杀多名十二鬼月成员，但是鬼杀队也折损数多优秀的成员。历经鬼杀队在铸刀师之村的战斗后，由于祢豆子克服阳光的缘故让无惨将目标转向祢豆子。无惨查出产屋敷宅邸的位置，造访该处并企图夺走祢豆子，却遭产屋敷以命相搏。在连串围攻下，无惨因为珠世所施的药被暂时强制变回人类，他便启动手下的能力将众人关进鬼的根据地“无限城”中。
鬼杀队成员和十二鬼月捉对厮杀，双方伤亡惨重。鬼杀队在消灭所有十二鬼月后，无惨杀害珠世并摆脱她的牵制复活后与鬼杀队残存兵力展开决战，并展现出压倒性的实力。炭治郎被无惨注入大量血液，濒死之际见到自己的祖先炭吉观摩继国缘壹施展日之呼吸的景象，得知火之神神乐便是日之呼吸，同时领悟到击败无惨的方法便是串联日之呼吸的所有招式;另一方面，无惨因珠世的毒而急速衰老弱化，又多次承受鬼杀队的攻击，后被黎明曙光逼上绝路。无惨一度附身在炭治郎的身上企图再次复活，但炭治郎在祢豆子的感化和珠世遗留的药的作用下终于脱离掌控变回人类。无惨被消灭后，世上再无恶鬼危害人间，鬼杀队也因此解散，他们的后代过著和平的生活。
鬼杀队入队篇(单行本第1、2卷;漫画第1～9话;动画第1～5集)
大正时期，主角・灶门炭治郎继承亡父留下的烧炭事业支撑一家七口的生活，过着朴实日子。某日炭治郎做完生意归家后，全家惨遭恶鬼屠杀，而大妹灶门祢豆子则变成了鬼。剑士富冈义勇现身阻止了祢豆子的攻击，原本他打算将其斩杀，不过在发现兄妹俩有着强韧羁绊后收起了刀，并推荐炭治郎拜培育者・鳞泷左近次为师，学习对抗鬼的方法。历经两年艰苦的训练，炭治郎通过最终选拔加入了“鬼杀队”，而除了炭治郎外，在本次选拔中脱颖而出的还有另外四个人，总计五人通过，被鬼杀队主公认为是优秀的剑士。
与鬼舞辻邂逅篇(单行本第2、3卷;漫画第10～19话;动画第6～10集)
完成首次任务、讨伐完沼鬼的炭治郎，被乌鸦逼着前往下一个目的地-浅草，途中他感受到了当年家人被杀时残留在家中的气味，追随着那个气味，炭治郎终于和最初的鬼——鬼舞辻无惨首次接触，然而令炭治郎震惊的是鬼舞辻竟然伪装成人类并组织了家庭……。在那之后，炭治郎与鬼舞辻对立的鬼珠世和愈史郎相遇，但突然遭到刺客的袭击，解除袭击危机后，炭治郎答应收集鬼之血的要求，与珠世建立起合作关系。
与同伴相遇篇(单行本第3、4卷;漫画第20～27话;动画第11～14集)
炭治郎接到新指令，前往传说中有吃人鬼存在的鼓鬼之家，与之前同样通过最终选拔的鬼杀队剑士.我妻善逸再会。善逸的胆小让炭治郎伤透脑筋，此时他在屋外发现两个孩子表情十分惊恐，于是上前关心，原来他们拥有稀血的哥哥被恶鬼抓进了宅邸内，为了救回被抓走的人类，进入宅邸的两人，却陷入包含原十二鬼月下弦之陆.响凯在内的几个恶鬼为争夺稀血而互相残杀的大乱斗，此时随着新的鬼杀队剑士.嘴平伊之助的闯入，让宅邸的战斗更加混乱……
那田蜘蛛山篇(单行本第4～6卷;漫画第28话～44话;动画第15～21集)
完成鼓鬼之家的任务后，善逸和伊之助也加入了炭治郎的行列，经过几天的短暂休息后，炭治郎等人奉命去支援那田蜘蛛山的战斗。这座山上住着拥有蜘蛛能力的鬼家族，他们则被十二鬼月下弦之伍・累所统治，而听闻先遣部队几乎全军覆没的消息，鬼杀队当主.产屋敷耀哉决定派出被称为鬼杀队最高战力“柱”级队员-水柱・富冈义勇和虫柱・胡蝶忍前往助阵。众人才刚上山就因为鬼的强袭被迫分散。在敌人压倒性的实力面前，炭治郎抱着必死决心使出的“火之神 神乐”与祢豆子刚觉醒的血鬼术“爆血”，是否能够打破眼前的绝望逆转劣势……
蝶屋敷的机能回复训练篇(单行本第6、7卷;漫画第45～53话;动画第22～26集)
因为在那田蜘蛛山被发现带着鬼一同行动，违反队规的炭治郎被押往产屋敷耀哉的宅邸前接受“柱合审判”，并受到柱们严厉的追究，最终受到鬼杀队当主.产屋敷耀哉的正式认可。审判结束后因先前战斗重伤的炭治郎，被带往胡蝶忍管理的“蝶屋敷”接受治疗，在那里遇见了被称为继子的鬼杀队女剑士.栗花落香奈乎，治疗进展顺利，并进行了机能回复训练。另一方面，鬼舞辻因为累的战败勃然大怒，以下弦毫无用处为由，将“下壹”以外的下弦全部肃清，被鬼舞辻强化的下弦之壹为了得到更多的血液，将魔爪伸向了炭治郎。
无限列车篇(单行本第7、8卷;漫画第54～69话;电影版)
为了从与火之神神乐的历史有渊源的炎柱.炼狱杏寿郎那里得到火之神神乐的线索，炭治郎等人搭上了无限列车。虽然与炼狱相遇，仍无法得到任何一点关于火之神神乐或日之呼吸的情报，此时炭治郎和所有乘客却落入了下弦之壹.魇梦的梦境陷阱被关在梦中，所幸祢豆子的火焰唤醒了众人。一边保护乘客，一边与和列车同化的魇梦对峙的炭治郎等人也成功保住了列车免于一场悲剧，炼狱杏寿郎却因为与紧接而来的上弦之叁.猗窝座展开激斗而不幸战死，让炭治郎悲恸不已，事后，疗养中炭治郎瞒着所有人去造访炼狱杏寿郎家，得知了火之神神乐惊人的真相……
游廓潜入作战篇(单行本第8～12卷;漫画第70～99话)
在炼狱杏寿郎死后的四个月，炭治郎他们以蝶屋敷为据点，每天过着积累锻炼完成任务的生活。某天，音柱.宇髓天元因为任务需要打算把蝶屋敷的女孩们带走。在炭治郎等人出面阻止后，宇髓突然改变主意，要炭治郎等人代替女孩们跟他同行。宇髓的目的是在日本著名的花柳街“吉原游廓”进行调查，炭治郎他们被命令伪装成游女潜入打探消息。因为善逸和伊之助的警觉性，逼出了潜伏在游廓的上弦之陆.堕姬，潜入任务也骤变为讨伐十二鬼月上弦的任务，炭治郎意识到自己与“水之呼吸”相性很差，但他所依赖的“火之神神乐”也让身体到了极限，更糟的是，原本被宇髓成功斩下颈脖的堕姬突然产生了异变，在堕姬受到重大耻辱嚎啕大哭后，因为深感而从堕姬身体里分裂另一只鬼.妓夫太郎的现身，令炭治郎等人陷入差点全军覆没的苦战……
炼刀师之村篇(单行本第12～15卷;漫画第100～129话)
炭治郎一行人于吉原游廓的死斗中历劫归来，上弦之陆的败北让鬼杀队取得了百年来的第一场胜利。欢喜的产屋敷和愤怒的鬼舞辻，两方阵营的对立逐渐呈现激化的趋势，音柱.宇髓天元由于失去一只手臂和眼睛而决定退役。两个月后，身负重伤的炭治郎也终于苏醒，他很在意在自己昏睡的期间梦到的那位和他戴着一样的日轮耳饰的神秘剑士。此时，由于炭治郎每次在和强敌战斗时都会都会把刀弄坏，让刀匠.钢铁冢萤相当生气，拒绝再替炭治郎锻刀。为了说服钢铁冢，炭治郎前往了被隐藏的刀匠之村，在那里遇见了恋柱・甘露寺蜜璃和霞柱・时透无一郎等二位柱级剑士，以及最后的同期鬼杀队剑士・不死川玄弥的再会。而平稳的炼刀师之村，遭到被无惨派去执行任务上弦之肆・半天狗和上弦之伍・玉壶袭击……
柱指导训练篇(单行本第15、16卷;漫画第129～136话)
刀匠之村的战斗让祢豆子成功克服了太阳。得知这一消息的鬼舞辻欢喜不已，将目标从青色彼岸花变为祢豆子，打算吃了她让自己也能够克服太阳。鬼舞辻召回所有的鬼，准备一场争夺祢豆子的总力战。另一方面，由于从吉原游廓到刀匠之村陆续发现有队员身上出现了类似鬼纹的“斑纹”，为此产屋敷耀哉的妻子天音在柱合会议上表示，战国时代那些将鬼舞辻逼到绝境的剑士们全都有这些斑纹。知晓此一情报后，岩柱.悲鸣屿行冥提议动员所有柱进行联合强化队员们的训练……
无限城决战篇(单行本第16卷～;漫画第136话～)
鬼舞辻利用其亲信鸣女的眼珠，查出了产屋敷的宅邸位置，因为确信自己可以杀死已经病入膏肓的产屋敷夺走祢豆子，于深夜到访宅邸，但产屋敷似乎也有着能将鬼舞辻推入火坑的计划。最终决战的钟声已被敲响，人类一方与鬼一方，究竟胜利女神最后会向谁微笑……
vs新上弦之陆・狯岳(漫画第143～146话)
我妻善逸遭遇自己的师兄、原鬼杀队剑士但堕落成鬼，现为新上弦之陆・狯岳，两人从以前就彼此讨厌对方，两人激烈交战后，善逸使用独创的雷之呼吸・柒之型・火雷神斩杀狯岳后彼此正式分道扬镳。
vs上弦之参・猗窝座(漫画第146～157话)
灶门炭治郎和水柱・冨冈义勇遭遇到杀死杏寿郎的上弦之参・猗窝座，三人开始交战后，战斗中的义勇觉醒了斑纹、而炭治郎则进入父亲曾传授的通透世界，成功斩下猗窝座的头，但被虽已断头执念仍存的猗窝座击至晕厥，猗窝座因过去记忆回复后，最终放弃再生并自尽身亡，而炭治郎和义勇因重伤与疲劳失去意识。
vs上弦之贰・童磨(漫画第140～143、157～163话)
虫柱・胡蝶忍遭遇自己的杀姊仇人上弦之贰・童磨，两人开始交战后，忍试图使用多种毒素刺杀童磨，但毒素都都童磨分解掉，而栗花落香奈乎赶到两人的战斗现场，香奈乎却亲眼目睹恩师忍被童磨杀害并吸收至体内，愤怒的香奈乎和后来闯入的嘴平伊之助与童磨战斗，在童磨的身体因忍的藤花毒而开始腐烂时，与伊之助乘胜追击，使用独创的花之呼吸・终之型・彼岸朱眼看穿童磨衰弱后所放出的血鬼术，成功斩杀童磨报仇。
vs上弦之壹・黑死牟(漫画第164～179话)
霞柱・时透无一郎遭遇到最强的十二鬼月上弦之壹・黑死牟，战斗开始没多久就被对方的攻击斩断左手并钉在柱子上，而在一旁的不死川玄弥试图攻击，但其双手和身躯被黑死牟瞬间斩断，在即将被斩断头时，玄弥的大哥风柱・不死川实弥闯入战斗挡下黑死牟的攻击，能与黑死牟有来回的交战，但仍然受到重伤，此时鬼杀队最强的剑士岩柱・悲鸣屿行冥也加入战斗。最终，在三柱与鬼化玄弥的燃命攻击下，黑死牟抱着与弟弟继国缘壹的回忆死去，然而，玄弥与无一郎亦伤重牺牲。
vs新上弦之肆・鸣女(漫画第164话～)
蛇柱・伊黑小芭内和恋柱・甘露寺蜜璃遭遇到支配无限城的新上弦之肆・鸣女。
vs最初的鬼・鬼舞辻无惨(漫画第136～139话、第180话～)
鬼舞辻无惨找到产屋敷耀哉的宅邸，在产屋敷自爆牺牲后，与鬼舞辻对立的鬼珠世，使用自己研发出可以让鬼恢复成人类的药物突袭鬼舞辻。
《Angel Beats!》故事发生在一所位于只有亡者与亡灵世界的大型高级中学，这个世界的存在目的是为了让没能快乐地度过青春的死亡青少年，能在这里消除他们内心中的负面情绪，进而得以走向来生或者下一场轮回;而消除负面情绪的方法，则是让这些青少年们重新体验高中生活。在这个世界里人们仍然必须像生前一般，为了维持生命而饮食和作息。尽管受到伤害时会感到疼痛，但不会因此而致死，而且过几分钟恢复。同时这个世界有一些虽然不是人类，但是外表与行为都和一般人无异的NPC;包括学校里的普通学生和老师都是NPC，其存在是为了让这所学校能有高中的氛围。
对此主要角色仲村百合认为这里是一个由神掌管的“死后世界”，并且她与其他成员一同创立“死后世界战线”，其目的便是向给予自己人生残酷命运的“神”做出反抗。另外在故事中，死后世界战线辖下有两个部门负责协助作战。一个是由4名少女组成的“Girls Dead Monster”乐团。这只乐团表面上看起来像是普通的女子乐团，但是其目的是在死后世界战线从事其他任务活动时，转移普通学生、教师以及“天使”的注意力。另外一个团体叫做“公会”，这个部门主要工作是为死后世界战线提供与“天使”作战时所需的武器。其中公会成员可以用收集而来的“土块”，藉着生前的记忆大量生产武器装备。
故事主要以音无结弦的视点进行，当他于学校路上苏醒后发现自己来到一个不同的世界，却也留意到自己疑似丧失过去记忆。此时遇见一名正蹲著拿着狙击步枪、名叫仲村百合的少女，她一开口就邀请音无加入“死后世界战线”，并且表示他们敌人即为担任学生会会长的“天使”。在一次行动成功后让“天使”失去会长位置，同时也得知“天使”真实姓名为立华奏。接任会长的前副会长直井文人一上任便对死后世界战线展开大规模的搜捕行动，甚至利用催眠的方式控制NPC角色发动攻势。最终音无成功阻止冲突并表示承认直井存在，之后直井加入死后世界战线。在直井催眠协助下音无恢复自己的记忆，想起自己过去的人生以及最后死亡的细节，决定与奏合作以帮助其他死后世界战线成员满足生前遗愿。在奏重新恢复学生会会长职位后，音无和奏合作帮助成员实现愿望。
途中，出现系统bug，造成大量NPC“影化”，这更加坚定音无帮大家离开死后世界的决心。
最后仍留在死后世界的音无、百合、奏、日向以及直井决定举行毕业典礼并相互感谢对方的支持与帮助。随着毕业典礼的尾声直井、百合和日向一一消失，在故事最后音无得知奏的遗憾是未能感谢捐赠给她心脏的人，而那颗心脏便是音无逝世后所捐赠的。奏向音无感谢他的帮助并消失，已爱上奏的音无则不断地哭泣。动画最后内容描写两人投胎转世后似乎又再度重逢。
故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为无能力者Level 0至超能力者Level 5。
主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者Level 5的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招(将硬币以音速的3倍的初始速度发射)“超电磁炮Railgun”而得名。
本作通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录》的背景(世界观中科学侧)的认识慢慢变得清楚。