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这是一个既非发生在地球上也不是采用公元纪年的故事。故事之始是30年前曾经爆发过大战的世界，由于开发新型兵器而一跃成为军事强国的——格里安共和国，侵略并占领了曾经繁荣非常的——鲁贝尔斯公国，格里安共和国准备以原鲁贝尔斯公国为踏板，逐步推进对莱古兰周边诸国的军事介入。

在原鲁贝尔斯公国的国境内，有一所战前便拥有悠久历史和高素质的教学而闻名的名校——〝CLUSTER－E.A.〞通称Cluster学院，这里的学生都是来自世界各国的精英子弟，尽管鲁贝尔斯公国已经灭亡，但是在学校活跃于各界的毕业生的努力下，学院得以在鲁贝尔斯公国灭亡后继续存在，井保持正常的教学活动。于是在这个为求与世隔绝的象牙塔里，一群从12岁到17岁的学生继续着他们的求学之旅，在与世隔绝的世界中自由的享受着安稳的校园生活，然而外界纷飞的战火还是不可避免的影响着本应平静的校园。

故事之始讲述鲁贝尔斯公国认为人类的生命在战场上互相杀戮而毁灭十分悲哀，因此开发研究能代替其战斗的存在，成功制造出力量超越人类的人造战士，人造战士的存在使战况形成一边倒，但这情况井没有维持很久，格里安共和国开发出专制人造战士的新型兵器——民族炸弹，新型兵器为这场战争划上休止符。

格里安共和国与鲁贝尔斯公国签下和约，并全国发布禁止私造人造战士的规定，战争过后人们遗忘替他们战斗的人造战士，忘记了他们的牺牲，排斥他们的存在。

战后教团在人造战士的工场搜获出一副天使的残骸和一本记载着关于毁灭之神的书籍，教团经过漫长的研究得知制造毁灭之神的方法，他们深信毁灭之神会毁灭世界后化身创造之神再次创造一个美好的世界。教团在穆拉斯柏库的人造战士工场偷偷培殖‘毁灭之神’，可在培殖中工场被人造战士破坏，在容器内培殖中的‘毁灭之神’——阿加特亲眼目睹杀戮的发生，因为精神受刺激迫使力量失控化身‘毁灭之神’，没法自控的阿加特不断破坏城市；这时候遇上人造战士的人权拥护运动的指标——卡鲁塞德尼·莱尼埃鲁，因为卡鲁塞纯洁的心所以阿加特的攻击对他并没有用，卡鲁塞的心吸引著阿加特，神冰冷的指尖探索著卡鲁斯的心，阿加特从卡鲁斯的身上取出卡鲁斯儿时美好的记忆，如复制般阿加特继承了卡鲁斯的记忆，卡鲁斯的记忆使毁灭之神变得不完整令阿加特成为了不完整的人类。

阿加特把卡鲁斯的回忆当成是自己的记忆，并把卡鲁斯当成是自己的哥哥，在卡鲁斯离开后阿加特亦从教团失去踪迹。

在这段不安的时期里，一位名叫阿加特·弗洛莱特的少年转入各国的名家子弟的名校——〝CLUSTER－E.A.〞。他特有的直率性格、那前所未闻的行动和单纯天真的笑容，像一阵清新的风吹入了向屈服于既定未来的优等生白瑞、有钱少爷的溤和最后生产的人造战士酷洛姆等人对将来迷茫的心中。不仅如此，阿加特有着一个连自己都不知道的出生秘密，还拥有着从出生起就有的引发奇迹的神奇力量……

2040年代的虚构日本城市新滨市，经过第三次和第四次世界大战洗礼的近未来科技已可将人类除大脑外的所有身体器官用生化电子的义体代替，并将人类大脑改装成与具有互联网功能的电子脑。上层社会和有经济条件的中产阶级人类纷纷进行义体手术，加装先进的电子脑，并用性能更高的人造义肢替换原有的身体器官——赛博格（生化人）已然渐渐成为社会常态。

人类社会的全面义体化（电子化）虽然带来了巨大的便利，却也不可避免地催生出了一种新的犯罪方式——电子犯罪。电子化并互联网化的人类开始受到黑客攻击，暴露在大脑被入侵、记忆被篡改等危险之中。日本政府因此专门成立了首相直属的特别情报机构“公安九课”（也就是所谓的“攻壳机动队”），来应对这种新兴的犯罪。故事中女主角草薙素子自幼便全身义体化，装备有最先进的军用义体，并在电子设备中如鱼得水，是出色的黑客。2029年正式加入公安九课，并以她卓越的指挥能力获得了队员们的信赖，被亲切地称为“少佐”。

《攻壳机动队》系列因其赛博朋克并带有反乌托邦性质的世界观著名。作品中对于未来科技有着精密的设想、考据和描绘，很多出现在其中的概念如今已然成为了现实，《攻壳机动队》也因此获得了众多硬科幻爱好者们的赞赏，并对后世的许多科幻作品有着显著的影响。（具体细节请参考#总体评价）

就《攻壳机动队》的不同版本比较来说，士郎正宗原著的漫画以短篇单元剧为主，人物通常比较轻松幽默，剧情也并非异常复杂，但往往有探讨研究各种科技或社会问题的大段对白文字，因此在分类时属于青年漫画。押井守导演的著名动画电影则十分严肃，人物角色完全没有漫画中轻松的儿童个性，以探讨深刻的哲学话题为主，电影整体也营造出一种沉闷、昏暗并略悲观的氛围。神山健治导演的电视动画则大概介于两者之间，如要分类的话应该是含有大量政治剧情的科幻警察刑侦电视剧。