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第一部 无印篇
《神奇宝贝》（Pocket Monsters）共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三篇，其中城都联盟还包括了一小段漩涡列岛大赛的故事。在橘子群岛时，小刚留在内木研究所，换小建和小智、小霞一同旅行，直到城都联盟，才又由小刚回锅。该系列简称为“无印”（因没副标题得称）。
大部分观众以为，《神奇宝贝》只有275集（这里指由石英篇到城都篇一般TV版），实际上神奇宝贝有276集，台湾的中视及香港的无线电视没有引进第38集“电脑战士3D龙”，因为日本在播出第一年（1997年）的12月16日，许多日本观众（青少年以下观众居多）因看了这集动画而引发光敏性癫痫送医，造成一阵大轰动，史称3D龙事件。原因就出在那集皮卡丘从3D龙身上跳出来，对迎面而来的导弹使出电击绝招，导致导弹爆炸发出强烈的闪光，红色和蓝色的光快速替换，如果一直盯着萤幕看的话，就可能会引发所谓的光敏性癫痫。这次的事件让神奇宝贝停播了一段时间，不过在日本观众热烈的反应及支持下，隔年4月16日终于复播了，但当地收视率大跌，并且制作公司也对制作动画的规则重新作了讨论，避免以后再发生类似的事故。而之后这集也被日本官方冻结，也导致3D龙和其进化型系列再也没出现在动画上。
第二部 超世代
后来，为了因应电玩GBA版（红宝石、蓝宝石版）的推出，精灵宝可梦于2002年11月21日播出《精灵宝可梦 超世代》（Pokémon Advanced Generation）系列。在城都联盟结束后，小霞跟小刚因为各自有事而和小智告别，小智为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚重新加入，于是四人展开全新的冒险，在传统故事上保持角色互动的新意。
《精灵宝可梦 超世代》共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一同奋斗。全新的比赛内容在支持者间得到好评，使之在系列往后有所延续。
第三部 钻石&珍珠
2006年秋季，为配合电玩NDS版（钻石、珍珠版）的上市，动画同步推出全新的系列《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl）。对战开拓区篇结束后，小遥为了挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小刚也因为道馆有事而回去了，小智则受到了小茂的激励，独自一人带着皮卡丘和偷偷跟来的长尾怪手前往新的地区神奥地区。新登场的女主角小光，其蓝本取自于电玩NDS版（钻石、珍珠版）的女主角。另外于2007年，为庆祝电视版播映十周年，东京电视台曾多次播映一小时特别篇（即连续播映两集）。
在《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》中，新人训练家小光为了成为顶尖的协调训练家，而从双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取宝可梦。而同一时间，小智也抵达了神奥地区，并在那里和为继续宝可梦培育家（饲养家）修行而前来的小刚再度会合。在因缘巧合下，小光救了小智的皮卡丘并把火箭队打飞，三人于是结伴旅行，展开了在神奥地区的冒险。故事和《精灵宝可梦 超世代》一样是有两个主线：小智为参加神奥联盟，挑战道馆；小光则为成为顶尖协调训练员而参加华丽大赛及华丽大型庆典。本作和以往不同的是小光的戏份大幅增加，于其比赛中经历比其他女主角更多高低起跌，也有更多需要单独应对的剧情处境，戏份可说是第一个有办法和小智相提并论的。
第四部 超级愿望
第一季
而后于由于任天堂于2010年推出NDS版全新作（黑、白版），动画也跟着推出新作，新作名为《精灵宝可梦 超级愿望》（Pokémon Best Wishes！），于2010年9月23日开始播映，在结束了神奥地区的旅程后，小智与妈妈和大木博士一同乘飞机前往合众地区。在那里，小智结识了带着牙牙的少女艾莉丝，及宝可梦酒侍兼道馆馆主天桐，三人于是一同展开在合众地区的旅程。艾莉丝的蓝本是取自电玩“精灵宝可梦白版”的第八道馆训练家（黑版2、白版2则成了冠军），动画则设定为以成为龙之大师为目标的少女 动画的角色成长设定的还不错 也是目前唯一会超能力的女主角。原本担任搞笑恶役的火箭队两人一猫组，在此作改变形象，成了认真的反派角色，并且秘密地执行神秘任务，为往后的剧情埋下了一些谜样的伏笔。而此作恢复为只有一个主线──小智为参加合众联盟而挑战道馆。
第二季
随后于2012年夏季，为配合电玩NDS版（黑版2、白版2）的上市，动画也正式进入第二季。在第二季中，除了原班人马外，更请回了前作的女主角小光和神奥冠军竹兰回来助阵，不仅许多第一季没有出现的旧宝可梦纷纷登场，同时更加入了“幻之宝可梦”美洛耶塔作为小智等人的伙伴，并且增添了新的主轴—火箭队对美洛耶塔的阴谋、世界锦标赛及合众联盟，为新一季带来了不一样的风气。
之后于2013年，在合众联盟结束后，动画又另外推出了两个第二季的新章节“Episode N”和“Da！”（杰可罗拉冒险！）章，“Episode N”是以游戏中的超人气角色N及反派等离子团的阴谋做为主轴所展开的故事。尽管在游戏（黑、白版）中N是偏向反派定位的角色，不过在动画中更多是做为较为正向的角色。另外原先于前一章结束任务的火箭队两人一猫组亦再次回归，并再次结合其前几部的形象，退场时会说“好讨厌的感觉”。而在“Da！”章，小智一行人告别了合众地区，打算搭船回到关都地区，顺路经过了杰可罗拉群岛，在那里遇见了很多宝可梦及新鲜或怀念的事，也为接下来的《精灵宝可梦XY》做了缓冲。
第五部 XY,XYZ
第一季, XY
2013年秋季，精灵宝可梦电玩进入了全新的3DS纪元（X、Y版），动画亦再次推出全新的系列《精灵宝可梦XY》（Pokémon XY）。告别了艾莉丝与天桐，这次小智在“Da！”章结识的记者三色堇带领下，前往卡洛斯地区，在那里他邂逅了天才发明少年，同时也是道馆馆主的希特隆、以及他的妹妹柚丽嘉、和小时候曾有一面之缘的少女莎莉娜，并与他们一同展开在卡洛斯地区的冒险。和以往的女主相比，莎莉娜的设定有些不同，除了以前曾和小智见过面外，甚至还是继小霞以来再次对小智拥有好感描述的女主，加上开播以来深入刻划人物性格的剧情及高品质的作画，尽管收视率初期没预想的高，仍受到观众不少正面评价。其冒险地图“卡洛斯地区”是以法国做为蓝本，因此多处场景皆是取材自法国实地场景。此作从中段开始再次分为两个主线：小智为参加卡洛斯联盟而挑战道馆，而莎莉娜则以宝可梦表演家为目标参加三冠卫星赛。
第二季, XYZ
在《精灵宝可梦XY&Z》动画中，首次大幅增加“传说宝可梦-基格尔德(Z)”的动画原创剧情，也首次在动画中出现正统游戏中未出现的宝可梦型态变化(牵绊变身)，更是替主角小智原创了一只型态差异的宝可梦小智版甲贺忍蛙，也是在游戏中未曾出现的宝可梦。
第六部 太阳&月亮
《精灵宝可梦 太阳与月亮》简称日月，内容为主角小智留在家中的宝可梦魔墙人偶在抽奖活动抽中大奖，一家人而前往阿罗拉地区度假。后来小智就读宝可梦学校，并暂居库库伊博士家里，在此认识了洛托姆图鉴和许多就读宝可梦学校的伙伴，如卡奇 水莲 玛奥 马玛内 莉莉艾。并和他们一起加入究极防卫队，让究极异兽回到原本的世界。在阿罗拉地区得知地区型态与Z纯晶/手环，而主角小智也获得一只卡璞·鸣鸣给的Z手环。本作以跟过往不同的软Q画风呈现人物，喜剧效果演出也大幅增加，并跟随游戏设定，以有限范围内的日常生活剧情代替持续旅行为主轴。在动画启播20周年的契机下，电视动画和剧场版动画的故事不再有关连和制作计划正式分离。
第七部 新无印/旅途篇
本作在播放前，官方率先预告内容不会单纯对照游戏《宝可梦 剑／盾》，而是会整合系列至今为止所有地区和宝可梦，制作全新的世界旅行故事，并确认不会加入副题。此外，本作亦直接采用了剧场版第20作重新设计的标志。
这部动画评价两极，加入被网友戏称“一球超人”的小豪做为主角之一，对大部分宝可梦几乎都是一球收服，既不重视培育、视宝可梦如大量收集之玩物，也去掉过去宝可梦与人的羁绊。引起极大的争议，且将过往传说宝可梦如水君，不仅被一球收服、且被过场的猎人虐待，更造成大量观众不满。
但是由于小智这部没有弱化、热爱对战、展现出优秀的冠军、好前辈等形象，而且掌握Mega进化、Z招式、极巨化三大对战系统，本部小智的目标挑战世界锦标赛，最终打赢丹帝成为世界最强训练家。
《Ninjala 泡泡糖忍战》是 GungHo Online Entertainment, Inc. 在 2020 年推出，以忍者 × 击剑动作的世界为舞台 的 3D 动作游戏。其故事描述，时值 20XX 年，过去曾活跃于全大江户的忍者们在明治维新之后，因为受到政府的迫害而逃散至世界各国。逃亡的忍者们与当地人结为连理，血脉也因此逐渐淡化。忍者的后裔们为了让自己拥有的「忍力」永世长存，于是创立了「世界忍者协会(WNA)」，以便在未来应对不时之需。此外，WNA也成功开发出了可以激发「忍力」的「忍者泡泡糖」……只要有优良的 DNA 就能制造出力量更强大的「忍者泡泡糖」。极限忍者竞赛「Ninjala」就是为了找出最强的忍者而举办的。
动画将延续先前网路动画阵容，由樱井孝宏 、鬼头明里、安元洋贵、皆川纯子、小林由美子、悠木碧等人参与配音演出。制作小组的部分，导演为神戸守、剧本统筹交由藤田伸叁、角色设计为铃木敦，动画制作则是交给了 OLM 负责。主题曲的部分，片头曲「メイビーベイビー」是由卡莉怪妞、片尾曲「ニンジャライクニンジャ」则是由 Nayutan 星人负责演唱。
故事剧情
曾经险些遭到魔神毁灭的世界，拯救它的是一位被后世称为“魔法帝”的魔导士……两位被遗弃在教堂的少年，一位是有卓越魔力跟魔法才能的四叶草魔导书的尤诺，另一位魔法值为零但却意外获得黑色五叶草的魔导书的阿斯塔……这是关于一位没魔力的少年却想要成为魔法帝的故事。
魔法骑士团入团篇
漫画：第1卷第1话-第2卷第9话/动画：第1集-第10集
魔宫攻略篇
漫画：第2卷第10话-第3卷第21话/动画：第11集-第19集
“白夜魔眼”王都袭来篇
漫画：第3卷第22话-第5卷第37话/动画：第20集-第27集
“白夜魔眼”邂逅篇
漫画：第5卷第38话-第6卷第56话/动画：第28集-第37集
海底神殿篇
漫画：第6卷第53话-第9卷第74话/动画：第38集-第50集
魔女之森篇
漫画：第9卷第74话-第12卷第101话/动画：第51集-第65集
王选骑士团篇
漫画：第9卷第102话-第12卷第133话/动画：第66集-第84集
“白夜魔眼”讨伐篇
漫画：第15卷第133话-第16卷第147话/动画：第85集-第94集
精灵转生篇
漫画：第16卷第148话-第22卷第214话/动画：第95集-第122集
红心王国篇
漫画：第22卷第215话-
篇章标题漫画动画
收录卷数收录话数
魔法骑士团入团篇第1卷-第2卷第1话-第9话第1集-第10集
魔宫攻略篇第2卷-第3卷第10话-第21话第11集-第19集
“白夜魔眼”王都袭来篇第3卷-第5卷第22话-第37话第20集-第27集
“白夜魔眼”邂逅篇第5卷-第6卷第38话-第53话第28集-第37集
海底神殿篇第6卷-第9卷第53话-第74话第38集-第50集
魔女之森篇第9卷-第12卷第74话-第102话第51集-第65集
王选骑士团篇第12卷-第15卷第102话-第133话第66集-第84集
“白夜魔眼”讨伐篇第15卷-第16卷第133话-第147话第85集-第94集
精灵转生篇第16卷-第22卷第148话-第214话第95集-第122集
红心王国篇第22卷-第215话-
魔法
魔导书
通过魔导书获取仪式获得的个人专属魔导书，封面、大小、页数并无一定的规格。王国所管理魔导书多为三叶草，四叶草则是极为稀少、被认为是传说的魔导书，并有刻着黑色五叶草的反魔法黑魔导书的存在。
三叶草的魔导书代表诚实、希望和爱，第四叶中有“幸运”的存在，而第五叶里有“恶魔”的栖息。
魔导书发现魔法的必要条件：
①与生俱来的才能是最大的因子。
②一心一意的研究与不懈的努力带来的成果。
③罕见地，因陷入绝境而产生的强烈的意志与祈愿给与其本人的力量的情况。
强魔地带
顾名思义，有强大魔力的地区，有各式各样的魔法现象阻止外来的侵入。自然气候多发，陷阱也很多不过同时往往隐藏很多不为人知的宝物。剧情中出现的魔宫、海底神殿、白夜魔眼基地都属于此类。
魔(玛那)
存在于世间也存于人体内的超自然能量。
魔导士透过消耗魔以发动魔法，对于魔的掌控程度衍生出魔力皮肤等进阶的操作技巧。
魔力皮肤
魔导士将不断精进自我魔力、持续性以魔强化肉体机能所达到的极致状态，施展魔力皮肤能让原本施放魔法才会出现的: 魔法书属性魔力在平时就笼罩自身。
魔力领域
魔力皮肤更加锻练提升之后可将周围漂浮的魔化为己用，字面意义的操纵领域的能力。在领域中可以将超过自身以上的魔力从任何角度施放出来(从敌人背后施放魔法也可以)。感知能力极度提高，超反应变得容易，也可以借助魔力在空中随意移动，令同样的技能效果更加强大。
组织
魔法骑士团
由九支骑士团(黑色暴牛、金色黎明、银翼大鹫、红莲狮子王、紫苑虎鲸、翠绿螳螂、碧之野蔷薇、珊瑚孔雀、水色幻鹿)编制而成，魔法帝直属的战斗特化魔道士军团，是拼上性命守护国家的精锐部队，因此受到民众景仰。
在魔导书获取仪式的半年后，会举行一年一次征选新人的入团考试。
王选骑士团(王撰骑士団，Royal Knights)
从魔法骑士团选拔出精英，组成最强的选拔队去讨伐白夜魔眼，目前已选拔完毕。
骑士团的披风(暂名)
魔导具(对魔法攻击有耐性)。九大骑士团的荣誉证明，上面绣有各自团徽。每个团员(包括团长)入团后都拥有一件。每个团以某一特定颜色为主，方便用来辨认属于哪个团的团员(例如黑色暴牛以黑色为主，金色黎明以土黄色+蓝色的毛绒，红莲狮子王以红色为主，银翼大鹫以白色羽绒+羽毛形下摆为主，碧之野蔷薇以蓝色为主，翠绿螳螂以绿色为主，水色幻鹿以青色为主，珊瑚孔雀以粉红色+菱形花纹为主，紫苑虎鲸以紫色为主)。
其他
魔法帝
从前解救国家的魔导士，之后历任屡次解救国家的最强魔导士。想成为魔法帝，必须靠实绩，否则无法成为立于众人之上的存在。
魔导书获取仪式
三叶草王国中每年3月都有一次授书仪式，年满十五岁的少年都会聚集在魔导书塔进行授书。表面上是授书仪式，实际上是魔导书选择自己的宿主。那些天赋越强的孩子，就会被一些特殊的罕见的魔导书选中。
等级
三叶草王国的魔法骑士拥有显示其实力的等级。等级以魔法帝最高，大致上分为五个等级，其中又各自分成一等到五等这五种等级。由高而低分别为魔法帝、大魔法骑士(骑士团长均为此等级，比如夜见)、上级魔法骑士(其中一等为副团长的等级，比如兰吉尔斯)、中级魔法骑士以及下级魔法骑士。
战功授勋仪式
在一年一度的授勋仪式前，得到规定数量的星星，等级就能上升并由魔法帝授予其新的等级。
魔导域阶
在红心王国和黑桃王国(三叶草王国没有使用这说法)用来分辨魔法骑士强弱的指标，由零至九域画分，零域最强，九域最弱。还有特殊的冥域，恶魔附身者或使用能够对恶魔有影响的魔法的人都属于冥域(如阿斯塔，塞蕾纳，夜见‧大介及失去力量前的尤利乌斯・诺瓦克罗诺等)。要打倒恶魔，就需要第一域或以上及冥域的魔法骑士。
星果祭
此活动是发表从4月至次年的3月末这一年期间个骑士团获得的星星数，以此决定该年第一的骑士团。