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2040年，医学高材生水原怜人罹患一种无法医治的罕见疾病“细胞硬化症”，他听从医生的建议进入冷冻睡眠五年，以便届时解药开发成功而得到治疗。不料这五年间，被称为“MK病毒”(Male Killer，男性杀手病毒)的病毒席卷了全世界，人类感染就会全身肤色变成紫色，三天内致死，病毒能透过空气传染，传染力相当强，瞬间就在全球爆发大规模疫情，导致全世界包括怜人在内只剩五个男人生存。

虽然怜人因为患上细胞硬化症而存活下来、产生抗体治愈了MK病毒，且细胞硬化症也在之后由解药完全治愈，但苏醒后的他却必须肩负与大量女性交配、让人类得以延续的使命。

由于流失大量科学家与技术人员的世界，许多科学技术因此失传，人类面临很大的存亡危机，虽然幸存下来的女性在UW女性临时政府的控制下保持着最低限度的生活。因此男性成为世界最重要的资源，幸存的男性都被安排了防护官，尽管担任怜人防护官的周防美来不断告诫他自己的使命，但怜人因对行踪不明的青梅竹马橘绘理沙仍抱有感情，选择暂时拒绝与众女性交配，想要先用一个月的时间先寻找绘理沙。

数次突发事件后，在意识到还有为数百万的男性进入冷冻睡眠暂缓死亡和自己的男性亲人还生存时，他发现绘理沙留下讯息告知MK病毒是人造病毒，于是他争取可以自交配设施外出、进入MK病毒的研究设施的权利并选择投入医学研究寻找病毒的解方，以解除人类的绝种危机并逃避交配。

与此同时，UW日本支部的领导层持续监视男性，并推行着机密计划，而第三名男性，原是男高中生的土井翔太也在此时苏醒，他在他的专属防护官神谷花莲的诱导下开始与众女性交配，而满意的领导层因此决定解职周防美来，更替怜人的专属防护官。

2049年，幸存的男性于疫苗开发成功5年后陆续回归社会，此时日本的男女比率约为1:10000(男性5000人，女性5000万人)。病毒的后遗症造成男性丧失了性欲与生殖能力...