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黑发少女“缠流子”在某一天突然转入了“本能字学园”，在这里她遇见了“美木杉美九郎”老师以及好友，甚至穿上了以“战维”为名的谜样纤维编成的战衣和“鬼龙院皋月”为首的整个学校为敌，所有故事就在此，环绕着热血及友情展开。
阴云密布的本能町，在神秘恐怖的本能字学园，高高在上的学生会长鬼龙院皋月（柚木凉香 配音）只手遮天，她通过“极制服”统领校内的学生，极制服由所佩戴的星星数量分级，级别越高拥有的战斗力就越强。这一天，一个背着单片太刀剪的女孩出现在本能字学园门口。她叫缠流子（小清水亚美 配音 ），为了调查杀害父亲的真正凶手而来到这个凶险的所在。谁知她刚刚到来不久，便遭到蟇郡苛（稻田彻 配音）、猿投山渦（桧山修之 配音）等学生会四天王的阻击。
关键时刻，缠流子意外得到父亲制作的黑色神衣，由此战斗力大增。连番激烈的战斗在本能字学园展开……
本能字学院(本能字学園(ほんのうじがくえん))
流子转校所到的巨型都市学院，由鬼龙院家族掌控，最大首脑是学生会长鬼龙院皋月，下有学生会四大天王负责各项工作分配。
本能市(本能町(ほんのうまち))
本能市学园所在的城市，位于东京湾中的人工岛，为鬼龙院家的私有地。全市根据学生住民的星级分有不同居住区域，并由此而伴有巨大的区域性贫富差距。学生一旦被勒令退学则同时会被赶出本能市。
最终回后半片段中，该城市最后沉入海面下。
极制服(極制服(ごくせいふく))
皋月赋予学生会成员的特殊学校制服，能够让人获得远超普通人的力量。
从三星到一星共分为三种等级，而普通无星学生则只能穿着普通学校制服。学生会中枢的四天王为三星，社团部长为两星。
制服的制作仅由本能字学园裁缝部完成，并使用了称为战斗生命战维的材料。
并且极制服中的星数是以混入衣料中的生命战维百分比来计算，一星为10%、二星为20%、三星为30%。
神衣(神衣(かむい))
使用100%生命战维缝制而成。流子的鲜血和皋月的纯洁皆为神衣。设计暴露度极高。神衣的使用者必须为神衣献出自身的血液才能够发挥神衣所赋予的力量。要发挥出神衣的全部力量必须要求神衣和使用者融为一体，而由此同时会增加神衣的暴露度。
第三话中表明，神衣是由100%战斗生命纤维所组成的服装，且在主人完全抛弃羞耻心并接纳其存在的时候才能发挥最大的战斗力。否则神衣会无意识的吸取主人的血液，使主人越发衰弱。能够吸收对手极制服上的战斗生命纤维。
生命战维(生命戦維(せいめいせんい))
缝制极制服和神衣的特殊纤维材料。一星极制服中占比10%，两星极制服占比20%，而神衣则100%由生命战维缝制而成。
所有生命战维皆来自于名为“原初生命战维”的外星生命体上，吸收能量的方式为透过感应生物体内的神经电流来增强力量，但因地球的生物并无法负荷生命战维带来的力量，因此改为附着在体外的方式来吸收电能。
战维丧失(戦維喪失(せんいそうしつ))
描述极制服的使用者败给流子和鲜血的状态。具有“战意丧失”和“纤维丧失”的双重意义。此时极制服的木端会粉碎成灰，同时战斗生命纤维也会被鲜血所吸收。
十三话中针目缝也用类似的技巧使鲜血被击破。
No迟到Day(NO遅刻デー(ノーちこくデー))
为整顿无星学生的纪律，风纪部每学期所举行的例行学校活动。清晨4时贫民窟会响起警笛声以示活动开始，学生必须克服重重陷阱并在8时30分前到校并在班会上点名报到。迟到者会被勒令退学。没能穿越陷阱的学生往往会自行举办模拟班会，表示接受被退学的现实。
这一天贫民窟学生并不能乘坐单轨电车上学，而必须经由风纪委员部所规定的、陷阱重重的道路到达学校。
反制服游击队(反制服ゲリラ(はんせいふくゲリラ))
裸体海滩的隶属突击队，目的为反抗生命战维。
干扰弹(ジャミング弾)
针对极制服而开发的类似缝针状的子弹。使用特殊的金属制成。射入神衣或者极制服即可切断使用者和战斗生命纤维的联系，使对方无力化。并在大文化体育祭中被本能字学园改良加以利用。
绊糸(絆糸(ばんし))
无论是极制服或神衣都必备的、类似神经中枢的关键。同时也是使生命战维的能力能够具现化在衣服上的重点。
一至三星的极制服都只有一条绊糸，但神衣的绊糸却不只一条，因此鲜血在其中一条绊糸被切断之后依然能够运作自如。
原初生命战维(原初生命戦維(げんしょせいめいせんい)
于数万年前降临在地球上的外星生命体，并选择当时灵长目中具有较高智能的智人为寄生对象，而此一行为也促使了人类的进化。但并未在人类的历史中留名，但其却选择在人类进化到具有相当水平的程度前进入休眠，因此仅对人类留下了“穿衣蔽体”的习惯。在故事开始前二十年，由鬼龙院罗晓接触到此一生命体，并协助其完成终极目标。
受到罗晓的呼唤而带着所有的Covers前往本能字学园。之后短暂回归鬼龙院宅，接着确定已储存能量完毕之后便自地下突破，笔直地往本能字学园前进。
据宝火所述，当生命战维成功覆盖整个行星之后，会吸收整个行星的生体能源并直接引爆，使生命战维再次散布到宇宙中作繁殖，此即地球上的原初生命战维的终极目标。
被流子打破核心之后落在本能町外的海面上，而后被罗晓操控，回到本能字学园来意图吸收在场所有人类，被苛与裸体海滩强行破坏后与缝及罗晓融合。
Covers(カバーズ)
由原初生命战维产生的布片状士兵，在初始状态必须仰赖原初生命战维的丝线传递能量。一旦将人类吸收进去后便能将人类作为能量来源而不需要原初生命战维的能量供给，仅有碎成两半的缚斩-蛟龙、饿虎，以及两把片剪太刀能够确实破坏Covers。
在遥远的未来，人类为了生存，不断地与怪异的生命体“希迪亚斯”(ヒディアーズ)对抗。在一场战斗中，人类银河同盟少尉莱德和他的人形兵器“Chamber”(チェインバー)被吞入不明的时空。当他从人工冬眠中醒过来时，他发现自己连同机体被打捞至一个古旧地方——加尔冈蒂亚之内。更进一步，他发现身处的是早已被人类遗忘的起始之星——地球。如今这个行星被一望无际的海水围绕著，人们只能住在巨大的舰船，靠着打捞古文明遗留在深海中的物品生存。由于缺乏行星历史、文化以至语言方面的知识，他被逼于海中的城市加尔冈蒂亚滞留着，与对其充满兴趣的艾美一同生活……
人类银河同盟(人類銀河同盟)
同盟成员有4亿7000万人。透过讨伐黑迪亚斯，从而维护人类的安定。身体较弱者会被视为劣等者以及淘汰。
拥有军队。军人执行军务的时间达到14万5000小时(约16.5年)便拥有限定市民权、申请在同盟的根据地‧阿瓦隆进行四星期的旅游与滞留资格(拥有自由睡眠、自由饮食以及生殖的自由)。
其起源是在旧文明时代提倡以宇宙船进出宇宙，并因人道争议问题而与EVOLVER(自发进化推进派)进行战争冲突的多国组织“大陆同盟”。
在同盟内，黑迪亚斯的诞生以及与其所发生的战争都被视为机密资料。
由于组织信念的关系，大型战舰均有“人”的象征，且全是载人兵器。
其实在本篇开始前经历了数月和黑迪亚斯战斗的连败，处境极为不利，实际上人口数也不到4亿7000万，有一些成员因为恐惧这没有尽头的战争而脱离同盟，成为“漂流部族”。
黑迪亚斯(ヒディアーズ)
人类基因为基础演变出来的宇宙生命体，与人类银河同盟属于敌对状态。拥有高战斗力，可以在一瞬间摧毁人类银河同盟的舰艇及Machine Calibur。
为了应付复杂的战局而特化出了多种个体，外表类似由三片花瓣组成，可搬运的“中型攻击体”、菱形，可搭载许多攻击形并俱备反舰光束发射器官战力强大的“攻击型母舰”、和具有学习能力，可免疫相同攻击的“进化型母舰”，透过奈米机械模拟碳元素形成坚固的外骨骼的同时可高效率的将电磁波转换成能量，并且可由外部补食机械的能源，虽然不具备虫洞技术，但其战斗力远远凌驾人类银河同盟。
其起源是旧文明时代的EVOLVER(自发进化推进派)。由于冰河期逼近，而使用宇宙船进行移民需时长，人类可能在宇宙船内因衰老而自然死亡，因此主张在人类的基因组上进行调整，使人类自己的身体转变成适合在宇宙的真空环境生存。但因为如此将会使人类失去自我而成为另类生物而使的大陆同盟的人们感到非人道而且是威胁到人类的存在，无视于同盟的多次通牒而持续推广并进行基因改造研究，最终发展成长期的慢性战争。
黑迪亚斯是从鲸鱼乌贼进化演变成的，在宇宙严酷的环境以及长期的战争中演变为躯体与生存力强大的生物，失去了社会、文明以及伦理，成为威胁人类于宇宙发展的生物兵器。
鲸鱼乌贼(クジライカ)
形状类似一只巨大的鱿鱼，是地球最强的海洋生物。加尔冈蒂亚船团的住民视它为神圣的生物。特征与黑迪亚斯相似，由DNA分析证实与黑迪亚斯是同种生物。
不会主动对人类进行攻击，但受到攻击就会狂暴化，而加尔冈蒂亚船团的装备亦不可能与其进行对抗。
人类适应宇宙实验的先行海中适应实验产物，其实验体的后裔、黑迪亚斯的原型，称为 “共生体”(共生体)，由旧文明时代的人类制造，能呼吸海中的氧气，还可承受深海的水压。通过奈米机械“光虫”共生进行营养补给，和光合作用相似，但效率更高。
光虫(ヒカリムシ)
奈米机械所构成拟似生体组织。渡过地球寒冷化后人类能源的来源，组成鲸鱼乌贼的皮膜及触手，在宇宙则是黑迪亚斯的外壳。