永远本来与妹妹刹那生活在战国时代的森林中,4岁时森林发生大火,两姊妹失散,永远在寻找刹那的途中遭时代树传送到令和时代,被日暮草太收养。转眼间十年过去,在战国时代担任赏金猎人的诸叶与除妖师刹那,为了拿下妖怪三目上臈互相较劲,却被三目上臈夺去二人分别拥有的珍珠,混战中她们也被时代树传送到现代,永远和刹那重逢,但刹那却因为幻梦蝴蝶的咒术失去对永远的记忆。为了夺回刹那的梦境和记忆,永远跟着诸叶、刹那回到动荡不安的战国时代,展开冒险。
永远、刹那、诸叶,是继承了妖怪与人类血脉的半妖少女们。
幼时被卷入森林大火而分离的双胞胎少女,永远与刹那。永远穿过时代树的穿越时空之隧道,从战国时代来到了现代。她被戈薇的家族日暮家养育长大,成长为精通武道的女中学生。另一方面,留在战国时代的妹妹刹那,在已经成为除妖师首领的琥珀手下以除妖为业。诸叶是戈薇与犬夜叉的女儿,作为赏金猎人得到了「妖怪杀手诸叶」这一别名,每天都在进行除妖的工作。
自从永远与刹那分离以来过了10年。时代树的穿越时空之隧道再度开启。永远与出现在现代的刹那重逢,但刹那不知为何忘记了永远的事情。
包括与刹那一同来到现代的诸叶在内,永远她们这些「半妖的夜叉姬」,开始在现代以及战国时代尽情大闹!