有着各种不同种族的的神秘世界ミスタルシア。由于想要征服世界的魔族侵略派的侵略行为而到处发生着战争，而人类、天界、魔族稳健派为了防止侵略派的世界征服而一起在世界各地战斗着。由此世界变成了由天界、人类、魔界及在暗处活动的“混沌之暗”同在的混沌模样。
在大陆上有这么一个传说，以前存在过拥有高魔法技术、并由此技术将大岛浮上天的超级大国“天上人”，而它现在留下来的只有各地的浮游城，而它以魔偶技术为首的魔法技术则沉睡于大陆各地。
故事发生在一个人魔神三个种族混杂的世界。两千年前，有着银黑色翅膀的恶龙巴哈姆特为这个世界带来濒临灭绝的危机。当时三个种族跨越隔阂通力合作，牺牲无数生命才把巴哈姆特封印。在恶魔与神族担当终极一击的主导下，封印的关键钥匙被一分为二，被两边分别掌握。接下来，世界经历二千多年的和平日子，但不知从何时开始，人类开始视巴哈姆特为至高无上的唯一存在，而恶魔与神族之间的战争亦没有停止。某日，某位少女夺走由神掌握的封印钥匙，世界的平衡于是开始被破坏。巴哈姆特的复活与咆啸，再度把世界卷入绝望的深渊
