漫画故事主要分为四部长篇，分别是最初的《队长小翼》、目标为争夺世青杯的《队长小翼世青篇》、以大空翼加盟西甲球队—巴塞罗那作为主线的《队长小翼 ROAD TO 2002》及争取奥运冠军的故事—《队长小翼 Golden-23》。另外，亦有多部短篇故事及外传，部分收录于长篇或短篇集当中。
小学篇
小学篇介绍了主角大空翼和其他主要角色，包括石崎了、若林源三、罗勃特本乡、岬太郎、日向小次郎、三杉淳、松山光等人的背景和在全国大赛中的比赛。故事早段讲述主角大空翼迁居至南葛市，因他就读的南葛小学与修哲小学争拗场地使用权，认识修哲小学的队长兼守门员若林源三，并在单挑时打败了他，若林源三不愤被打败，最后在两校友中不分高下。之后全国大赛展开，大空翼的出色的足球技术及得分能力使各人神服故邀请大空翼加盟南葛代表队，与若林源三成为队友出战全国大赛。他的天赋才能震惊了整个足球界，而该年日本小学足球界亦人才辈出，当年司职前锋的大空翼带领的南葛在分组赛首场败给了日向小次郎率领的明和小学(这场比赛也是全系列中，大空翼唯一输过的比赛)，但及后先后打败立花兄弟的花轮队、钢门中西的难波队、及三杉淳的武藏队杀入决赛，再斗明和小学。在若林源三复出下终于在加时打败斗志顽强的明和队夺得冠军。
中学篇
中学篇仍然是描述在日本举行的全国中学生足球比赛，不过加插了不少新人物，包括速度快及擅长隼射门的大友中学前锋新田瞬、来自大阪东一中学的王牌后卫杀手早田诚、来自九州比良户中学一刚一柔的二人组合次藤洋及佐野满等等。而若林源三、本乡和岬太郎在此时期都已经分别离开日本。由主角大空翼带领的南葛中学在连番苦战下杀入决赛，决赛对手正是决赛前所有比赛均被教练雪藏的日向小次郎所带领之东邦学园中学部;两队在激烈的对决(上半场、下半场、加时赛)后仍不分胜负，最终两队并列冠军，而大空翼于日本学界的足球生涯亦暂告一段落。
欧洲篇(世少篇)
欧洲篇故事紧接着中学篇而发生。在全国中学生足球比赛中脱颖而出的22位球员组成了日本少年代表队远征欧洲参加国际少年足球大赛，跟世界强队比赛。
日本队到达欧洲第一站汉堡，跟有史奈达、若林源三在阵的汉堡少年队进行一场练习赛，结果在缺少翼、岬的情况下以1:5惨败。之后，日本再败一场，终于激发日本队斗志以及引发若林和翼加入日本队，之后的赛事总算有力取胜。岬也在法国正式加入日本队。
日本队在法国举行的国际少年足球大赛，翼、岬、日向等人的出色表现，先后击败拥有欧洲第一钢门希林狄的意大利，有跟翼一样拥有一流个人技术的迪亚斯在阵的阿根廷，再加上打败一直被偏袒的主办国法国，最后于决赛打败欧洲第一军团，拥有年青球王史奈达的西德，勇夺冠军。
在决赛后，翼重遇了在他上中学前离开日本的恩师本乡，并准备加盟恩师执教的圣保罗，正式向职业球员之路进发。
队长小翼世青篇
世青篇故事环绕日本队在大空翼带领下参加世青杯。本篇有两个序幕，分别介绍了两个新角色“太阳王子”葵新伍和“神之子”山达拿的出场。而大空翼已经成为了巴西职业足球队圣保罗的10号球员。“神之子”山达拿的经典金句为:“我故意不让守门员碰到足球，以免弄断他的手腕。”(出现于第一期)
世少杯比赛三年后，世青杯比赛在布鲁尔加共和国举行，日本青年队再次集结，但是一个名叫贺茂港的人带领的RJ7队员将日本队打得体无完肤，主教练见上辰夫也突发疾病，贺茂港在此关头接下球队。由于日向、岬、政夫、和夫、次藤、早田、新田七个主力球员被逐出球队，日本青年军仅余下翼、三杉、井泽守、佐野及石崎等球员可用，晋级过程艰辛，其中对泰国一役更有翼中途伤出，幸好源三及新伍及时加入，令日本青年军顺利以外围赛冠军身份晋身决赛周。
面对人员不整的情况下，日本青年队奋力战斗，终于从亚洲区突围，晋身决赛周的日本队虽然有多名主力实力得以提升并归队，并于第二圈的分组赛及淘汰赛连番报捷，取得出线资格，以及勇夺亚洲杯冠军。
但是布鲁尔加共和国发生内战，世青赛面临取消。日本足协的片桐宗政提议日本接任主办，就这样世青赛得以顺利举行。正当好事看似到来，日本但在世青杯开赛前夕，中场球员岬却遇上车祸未能参赛(除非日本入决赛，这样就可以争取在决赛后备上阵)，并有可能因此挂靴。
缺少了岬，日本队在大空翼、日向及松山等球员坐镇下、再加上新伍及赤井等新加入球员的出色表现，先后击退空中战强队墨西哥、攻击力极强的乌拉圭、伤兵累累的意大利、合作一流, 拥有白夜骑士史提芬利云的欧洲劲旅瑞典及由全能足球指挥塔加尔富特带领的荷兰后杀入决赛，对手是由大空翼的恩师本乡罗伯特带领，被誉为冠军大热门而且一球未失的巴西。
在对巴西一役，一度被认为已经不可能再出赛的岬，于下半场带伤复出，让日本重新振作;而比赛尾段出场的巴西队10号后备球员拿度尼更成为了大空翼的最强对手。最后日本于加时击败巴西成功夺得世青杯冠军，击败了罗伯特率领的巴西队，大空翼超越恩师。
最后的获胜感言，大空翼呼吁全世界，停止无谓的战争，如果想战斗，就用足球来决胜负。赛后，翼正式与中泽早苗结婚。世青篇完结。
队长小翼 Road To 2002
主要描述大空翼在加盟加泰罗尼亚巴塞罗那之后，如何由巴塞罗那B队升级至A队，再从主将利华尔(原型为李华度)手中争取到出场比赛的机会。故事以巴塞罗那主场大战由拿度尼率领的皇家马德里作结(即西班牙德比)。
另外亦有描述日向小次郎及若林源三分别于尤文图斯及汉堡的遭遇，不过并没有交代若林源三在汉堡败于拜仁慕尼黑后的去向。
世青赛1年后，大空翼转会到巴塞罗那，而日向小次郎也到尤文图斯发展。而两个人却并非一帆风顺，大空翼练习表现出色，可是因与队伍中的世界第一球星利华尔位置重叠而被编到B队;日向也因为身体平衡原因，只在揭幕战上登场31分钟(零入球零助攻)即被换下，后来更被租借到意丙雷吉亚纳队。最先登陆海外的若林也处于危机之中，在汉堡对阵拜仁慕尼黑的比赛即使连番抵挡住拜仁的射球，但在最后一刻漠视主教练的战术，连累球队落败而在之后沦为替补。日本球员在海外面临前所未有的危机。
此时的日本J联赛正在如火如荼的展开，在世青赛中受伤的岬加盟了磐田山叶，并在揭幕战中击败了浦和红宝石。
西甲方面，巴萨自联赛开启后的战绩非常糟糕，球队核心利华尔在首场对华伦西亚的赛事，更是受伤休息，缺少利华尔的巴塞隆那四场不胜(1和3负)，法沙尔(范萨尔)面临下台危机;而大空翼正好在B队出色的完成了主教练范萨尔交给他的题目--10个进球10个助攻，被召回到巴塞罗那队。迎接大空翼的处子战就是世界上德比大战的巅峰，巴塞罗那对皇家马德里，面对拥有银河战舰般豪华阵容的皇家马德里，在大空翼的出色发挥下，以6比5战胜了皇马，大空翼更是拿到了3个进球和 3次助攻。ROAD TO 2002完结。
队长小翼 Road to 2002 Go for 2006
收录于《队长小翼 ROAD TO 2002》第15卷最尾的特别篇，以日向小次郎为主角，标题为《挫折尽头的太阳—日向小次郎物语 in ITALY》，一共5章。
队长小翼 Road To 2002 F.C.R.B. Stadium Opening Match
队长小翼 Golden-23 奥运篇
队长小翼 Olympics 2005年10月开始的最新连载。紧接Road to 2002故事，大空翼等等已经21岁，故事以日本U-22代表队参加奥运足球项目为主要骨干。故事以日本奥运代表队以奥运会为目标而进行的各场赛事为骨干，再加以大空翼、若林源三、拿度尼、山达拿等人于欧洲的表现贯穿全故事。
西甲德比大战过后，日本队也开始了奥运会足球比赛的准备功夫。主教练吉良耕三决定不召集海外球员(若林源三例外)，只用国内的适龄球员来征战奥运亚洲区预选赛。日本队以副队长松山光为首，配以岬太郎、三杉淳等技术型球员作为球队主要战力，其间亦加入了数个新角色，令整体实力有增无减。
当中不少球员重新发掘出自己的所长及潜力，如一向担任门将的若岛津一圆吉良耕三的梦想转型为“柱趸式前锋”、立花兄弟因其合拍程度转型成为防守中场、三杉淳以及松山光重返中场线等，令日本队的实力不致大幅度下降。另外, 风见、古川等数个新角色也加入，令整体实力有增无减。
日本为了准备, 先后约战拥有强大的双箭头的丹麦、以大量旅欧主力出击(包括J.J. 欧查德以及波巴克)的尼日利亚以及南美的巴拉圭进行友谊赛, 凭着出色的表现, 保持不败。第一预选的比赛因为除了在世青杯外围赛的一个强敌外, 另外的都是弱旅，日本队一路高奏凯歌。但是到了第二预选却受到了澳大利亚队的强力阻击，最后一场比赛中，日本队必须净胜澳大利亚三个球才能出线。最终岬太郎率领的日本队在最后阶段以4比1战胜对手，顺利进军马德里奥运会。GOLDEN-23完结。
队长小翼海外激斗篇
队长小翼海外激斗篇 IN CALCIO
紧接Golden-23故事，在日本奥运代表队成功打入奥运的同时，故事以小次郎所效力的雷吉纳与葵新伍所效力的FC阿尔比斯的一场激战为主要骨干。意丙收官战中，两队在联赛积分榜中只差一分的情况下，日向小次郎及葵新伍都为求协助球队顺利升上意乙，双方奋力一战。
奥运会预选赛结束后紧接着，意丙的联赛也将近尾声。
日向已来到意大利9个月，其带领的雷吉亚纳队截至联赛最后一轮位于第一而葵带领的阿尔卑斯队则位于第二位，两队都有机会升至意乙，而最后一轮，两队开始了面对面的对决,最终雷吉亚纳战胜了阿尔卑斯夺冠,由于第三名的球队落败,两队都进入了意乙。海外激斗篇 IN CALCIO完结。
队长小翼海外激斗篇 EN LA LIGA
在日向小次郎及葵新伍所效力的球队都成功升上意乙的同时，在西班牙又展开另一场激战。
故事以西甲一场由巴塞罗那对皇家马德里的德比战为骨干，作为巴塞罗那王牌球员的大空翼，在球队只落后榜首皇家马德里两分的情况下，为了协助球队升上联赛榜首，与皇家马德里展开一场激烈的比赛。
初夏，日本队前往墨西哥托卢卡高原进行最后的集训，日向、葵以及大空翼与队伍汇合，为了这次奥运会，更加努力的训练，此时，大空翼想起了这短短的一年在西班牙发生的种种，当然也包括那场第二轮的德比大战...
本故事是回忆大空翼巴萨与拿度尼皇马第二轮德比之战，还出现了一位神秘观众，德比大战最后以2比2结束，此时皇马的积分还是领先巴萨的，接下来还有两场比赛，巴萨是否能逆转呢?
神秘观众与翼有着一面之缘，那时候翼在跑步爬楼梯，突然被后方神秘男人超越，速度完全跟不上，后得知他以前也是踢足球的，名叫米迦勒(大天使)，是在教堂被神父带大。
在观看了翼和拿度尼的两场德比后，米迦勒燃起了足球热情，并加入了快被降级的努曼西亚队，皇马在西甲最后一轮被努曼西亚队击败，巴萨在打败由拿邓加带领的拉科鲁尼亚后，积分最终超过了皇马，升上榜首。
队长小翼 Rising Sun
在拿到奥运地区赛冠军后，目标锁定奥运冠军!大空翼凭借自己出色能力帮助巴塞罗那夺得西甲冠军，然而这只是日本起步的开始!
日本在奥运正赛开始前，先后打败了新西兰及墨西哥(8：1)，可是翼因为疲累过度而在练习中晕厥，他也争取快速康复以赶上正赛。
不久奥运会足球比赛正式开始，由西班牙对上喀麦隆，阵中的好手米迦勒表现技惊四座，让巴西的拿度尼及辛坦拿不禁明白此前被完胜并非偶然。
日本在分组赛被分在死亡之组(C组)，同组分别有世青杯对上的欧洲名门荷兰，世少杯对阵的南美的阿根廷，以及尼日利亚。日本以热门姿态杀入八强。 另一个焦点集中于巴西，这一次他们在分组赛与德国(世青杯以5:0淘汰对手)、中国及塞内加尔同组。德国今次以报回上次大败之仇为目标，最后一轮爆发激战……
队长小翼 Kids Dream
为了让新一代观众融入卡通，故事从头开始，从大空翼在小时候被足球保命，以足球当盾牌，利用它的弹力，把大空翼和球弹到对面马路的草地。十年后，母子从东京搬到静冈县南葛市，重新开始小学篇，但故事会延伸至2018年俄罗斯世界杯。
