这世界上存在一个类似黑洞，能够夺去一切物质的-“无明领域”。
随着无明领域的发生，无数被称为“戒者”(imashime)的异形生物就会蠢蠢欲动，伺机要把人类拉进绝望的深渊。
在这个混沌的世界里，有8名少年少女被召集起来，共同调查无明领域的秘密、抵抗异形生物的入侵。
在危机之中，现在与过去的命运复杂地交错著，他们是否能够带来光明的救赎呢?
全人类只能倚靠这最后一丝希望了……
无明领域(無明領域)
10年前于东京出现、直径数十公里的黑色空间。出现的理由及科学法则皆不明。于无明领域内，不论生物及非生物皆会被“尸钢化”。此外，在无明领域的影响下，人类会出现强烈的幻觉、意识混浊及记忆出现混乱等症状，最终会丧失自我。
发生初期因无明领域的自我扩张速度较慢，避难对应的工作还能展开，因此当时东京的遇难人口比例较少。但因失踪者超过50万，大量市民前往东京都邻近附近的县市避难，导致总受影响人数超过4000万人，使东京作为首都的机能被破坏，而日本的政治以及经济活动亦受到相当大的打击。
日本、世界各国以及各个机关都曾经几度进入无明领域进行调查，但每次皆出现有调查队成员遇难的结果。现时，无明领域外围边缘地区至数公里外的范围为缓冲地带，禁止任何人进入。第零种特殊灾害认定区域。
于本作出现的“久久能树(九々ノ木)”能抑制无明领域。在久久能树范围内戒缚无法入侵，而它的果实久久果在在久久能树范围外，可以暂时抵抗戒缚入侵。
尸钢(屍鋼(シバガネ))
于无明领域内以及其影响下，因未知的力场现象使生物及非生物的构成物质改变，并变成或生成类似金属结晶的物质。
生物被感染后，感染部位及精神的感觉会变得敏锐。
戒者(イマシメ)
普遍被认为是死者留下的负面情感与无明领域反应的产物，但实际上活人的强烈情感亦能产生。
由金属结晶聚合而成，即使受到攻击也可立即修复，必须把特制的钉射入要害才能将其消灭。
骸(躯(むくろ))
被称为“无明领域”的看门人。
有传言指听到“躯”的歌声的人会于九日内死去。
实际上躯是读岛岛民为了报复想要毁了他们一族的人们而将躯复活。
神隐孩子(神隠しの子供たち)
10年前从无明领域中离开并平安生还的奇迹之子。
读岛(読島(ヨミジマ))
篠目、皆志及鸫出生地。保管躯的核心的地方，因被无明石保护而没有于地图显示位置。居于读岛的一族拥有能利用心灵感应来交谈的特殊能力，且信奉著无明石。
10年前，因皆志的姐姐美明向夏入透露了岛民能用心灵感应来交谈的事，并曾带领夏入进岛，夏入亦于岛上建立了IX的研究设施。其后夏入为证明自己的理论，率领大量IX的人强行带走大量岛民。岛民被带至IX的相关设施，被夏入用作人体实验以证明其理论。最后被带走的岛民皆因接受人体实验的关系而全部死亡，只有少部分没有被带走的岛民生存。同时夏入为消灭曾经进行非法人体实验的证据而进行烧村。其后仍生存的岛民为了向毁灭他们的人们复仇而将驱复活，并由篠目、皆志及鸫三人把驱带至东京，进行无明石祭祀后便产生了无明领域。
岛上种植了大量久久能树，在10年前被烧村后全部枯萎。
复兴支援企业体IX(復興支援企業体イクス)
以川田原市九字町为本部所构成的企业体，有众多企业参与。主要目的为复兴因无明领域而遭受沉重打击的日本的产业及经济，主要从事制造业。
Gargouille(ガルグイユ)
无名领域特别调查队的驾驶员培训组织。
Vess(ヴェス(Vess))
通用多臂重型机器，为一个半人形机器人。由IX开发并贩售于市面上。
久久能智学院已使用此机器来进行竞赛等，而在学的学生也用以作为考试用。
Gargouille 使用的调查训练机为应对戒者已经改造过设备。
MA-Vess(マヴェス(MA-Vess))
用于调查无明领域内部的极限环境作业用机体。
搭载有保护搭乘者不受无明领域各种现象影响的机能，是调查队的实战装备。虽然原因不明，但拥有可以变化为3种不同形态的变形机能。
银(アージェント(Argent))
一号机，MA-Vess的原型机。由赤司驾驶，L.I.M 中为青司。
黑貂(セーヴル(Sable))
二号机。原本由兵斗驾驶，在后期则改由真亚梦驾驶，L.I.M 中为艾米露。
赤红(ギュールズ(Gules))
三号机。由皆志驾驶，L.I.M 中为篠目。最后一集被皆志拒绝后不久改由赤司驾驶。
白金(シロガネ(Shirogane))
由青司驾驶的 MA-Vess 前原型机。
