村上良太因为无法忘怀与死去的青梅竹马“黑猫”之间的约定，为了证明外星人确实存在而加入天文社。每天观测星空，试图寻找外星人。
某一天，长相与黑猫非常相似的转学生黑羽宁子转入良太的班级，并且救了他一命。良太因此发现她拥有超越一般人的能力，是从研究所中脱逃出来的魔法师。魔法师每天必须服用一粒镇死剂以维持生命，否则身体会逐渐融化而死。良太为了不让眼前的魔法师们死去，而不断想办法寻找镇死剂以延长大家的性命，故事由此展开。
本作用语
高千绘(组织名)
神秘组织在研究所上头的神秘组织，这个组织在100年前挖到一个外星人的遗迹，但是他们并没有公开这件事，似乎在魔法使的研究中使用了外星人的技术，技术远远超过人类所拥有的技术。根据奈波给村上的情报，组织的目的是“弑神”。实际上他就是村上良太的父亲。
魔法使（魔女）
经过手术后获得特殊能力的人类，颈后部装有“御魔具”的机械部件，必需每天服用镇死剂1锭，否则就会死亡。
等级分为AAA、AA、A、B、C等5个阶段（单行本修改后的设定），B级以下为劣品而会被销毁，研究所中的魔法使都是A级以上魔法使。AAA级别以上尚有S级，且AAA级以上的魔女会赋予代号。
按照小鸟的说法表示，S级的魔法使拥有可将人类灭亡数次以上的魔法，在管理．使用上非常困难，和美则说根本就无法拿来当刺客使用。
周刊连载时原分为AAA、AA、A、BBB、BB、B等6个阶段。
御魔具（原：枷锁）
魔法使颈后部的装置，疑似魔法使能力的来源，有三个开关，呈正三角顶点排布，必须要用力按下才会产生作用。另外由于御魔具内的朵拉希尔能够产生消除魔法的结界，因此魔法使的魔法对此装置不会产生任何作用。
右下角按下后会中断，使魔法使在一天内无法使用能力，当魔法使过度使用能力时也同样会中断；左下角按下会取出装置，使魔法使溶化死亡，研究所可通过加装无线信标以生命威胁来控制外出执行任务的魔法使；正上角功能依魔法使而有所不同，有的能觉醒、有的则会体验到比死亡更恐怖的事。
其内居住一种疑似外星生物，所以良太推测御魔具的英文“Harnessed”不是指被支配或马具之类的意思，而是指她的巢穴“Her nest”。
中断
指魔法使的御魔具右下角开关被按下后的状态。在此状态下魔法使会在一天内无法使用魔法，会随着时间经过而恢复。
在此状态下瓦尔基丽的探查魔法会无法感应到魔法使。
不过即使是中断状态下，佳奈不知为何还是可以使用预知能力。
瓦尔基丽
S等级的魔法使被赋予的称号。已确认有复数的瓦尔基丽存在，包括宁子与真子姐妹，以及本是研究员但在不明原因下也把自己变成魔法使的小野寺。
初期型的宁子使用的是和普通魔法使相同的御魔具，从真子开始则使用特制的瓦尔基丽专用御魔具，魔法的使用量是普通魔法使的好几倍，外壳部分有着两圈符号 的刻印，构造上和普通魔法使有着很大的不同，因此很难对其使用按下开关使其中断的战法。
镇死剂
魔法使为了生存下去必须使用的胶囊剂，药品编号为DR623G，由德雷斯登制药厂制造。超过30小时未使用镇死剂，全身皮肤将会裂开而喷出血液，但若服用后伤口即可迅速愈合。35小时后内脏开始融解亦无法再服用镇死剂进而死亡。40小时后无法保持人形。同时也是促进朵拉希尔孵卵的药剂。
有效成分并非具有结晶性的化合物，因此小五郎表示要复制可能需要半年至数年。
由于不服用镇死剂就会导致魔法使溶化而死，小五郎推测可能是因为朵拉希尔分泌大量能够溶解人体的消化蛋白酶的缘故，故镇死剂应该就是该消化蛋白酶的抑制药物。
研究所（Vinguif）
也被称为“V机关”。英文翻译“魔女的宫殿”，正式名称为“高次元生命体研究所”。根据奈波告诉村上的情报，在研究所进行的是关于魔法使的研究，也就是人体试验，研究所上头还有一个组织。进入研究所工作的人必须是存在感低的人，并且接到工作后两年内不得外出。
外星人
神秘组织发现了地球外生命体的遗迹，其中之一外星人代号A008，是最早的七行星之神，在20年前根据遗迹的残留痕迹重新构成，目前活着并持续成长中，由于当时技术还不成熟所以只是个半成品，有脑波和反射神经，但无法交流，DNA的配对并非ATGC所构成，DNA中包含了地球上没有的物质126号跟127号元素，惧怕光。
朵拉希尔
被装在魔女的御魔具内，是代替骨髓的生物，有着许多的眼睛与嘴。
良太曾推论这是寄生生物，不过美树表示“朵拉希尔才是魔女的本体”，魔法使的意识并非来自脑部而是朵拉希尔，但仍有机会想起部分宿主的记忆。会在宿主体内持续成长，最终会孵卵并且吃掉寄宿的宿主本体，然后开始捕食其他的人类。以吃掉脑部来培养的特拉希尔可保有宿主的人格。
格拉尼
被放入小鸟身体内的特制品，同样是代替骨髓的生物，觉醒后其消除魔法的结界比一般朵拉希尔大非常多。与朵拉希尔相同会孵卵，孵卵后会使地球上的生物灭绝。根据九表示，格雷恩是吃掉他的妹妹大脑所培养起来的，所以格雷恩内藏有九的妹妹的意识。
诸神的黄昏
格雷恩孵卵时所产生的现象。寄宿格雷恩的御魔具会放出无限光，形成笼罩地球的光幕，当光幕降下时，地球上所有的生命体的细胞都将溶解，使生命完全灭绝。
