《薄樱鬼》是以日本幕末时期的史实为背景改编的故事，作为奇谭的本作以独自的新要素为中心描述，因此会有和史实不一致的地方。
故事开端是幕末文久三年。
主人公雪村千鹤是在江户生长的兰学医（西方医学）之女。其父纲道因工作而离开江户前往京都。一开始千鹤与父亲有定期的书信往来，但很突然的，父亲不再来信，而自己写的信也得不到回应。千鹤因担心父亲而穿上男装来到京都，却没想到在那里遭遇到了冲击性的场面，并且与新选组的各位邂逅，一起寻找父亲的下落。
围绕着她的是与新选组的队士之间发生的事、自己的身世、新选组隐藏着的秘密，以及幕末的男子为了生存的战斗历程。
