在世代交换之时，据说会有一个造成世间动乱的“霸者之首”。这个东西从秦代以来流传下来，并且让想要争夺霸权的人们不停争斗着。
时间来到了动乱的幕末。位于正在吹起异国风潮的横滨之地，出现一个剑士。他的名字叫作秋月耀次郎。手上握有灵剑“月泪刀”，也是以封印霸者之首为使命而被叫作“永远的刺客”的人。过去他曾担任坂本龙马的保镖，但对于未能拯救他而感到深深懊悔的秋月，为了治愈心伤而一个人寻找在幕末苏醒的“霸者之首”。
他在一场争斗中因为救了一对孩子，而和以“报仇”为目的而到处旅行的剧团一座相遇。一座的仇敌－中居屋重兵卫正握有“霸者之首”。于是为了找到首级的耀次郎和剧团们因此卷入了阴谋的漩涡之中。
用语
霸者之首（覇者の首）
在历史转换时必会出现，并且造成人间骚动和混乱的存在。另外也能让拥有者能取得“天下”的力量。如名称所示是一个“首级”，是被秦朝秦始皇所斩首的男人，用他的怨念化为力量寄宿于首级之上。由初代“永远的刺客”封印后，被徐福带来日本。
月泪刀（月涙刀）
徐福为了封印“霸者之首”而加入咒语打造的灵刀，一共两把。受到秦始皇的命令，此刀要传给由徐福和他带来的三千童男童女以及他们子孙中，能力最优秀者（不过由于秋月不是出身于高丽之里，所以中居屋的这个说明可能也不正确）。此刀能够用来找寻“霸者之首”，而且在“首级”面前，会从刀尖上流下像是泪滴的水珠。
不过并不是由“永远的刺客”对“霸者之首”加以砍击就能封印它，除此之外似乎还需要一些条件，但秋月并未说明。
另外这两把刀分为封印首级的“阴之大太刀”和防止封印解除的“阳之小太刀”，但如果阳之小太刀与霸者之首接触则会让使用人成为首级的护卫。作中则是由耀次郎和赫乃丈分别持有。
永远的刺客（永遠の刺客）
使用灵刀?月泪刀来封印“霸者之首”的力量为宿命的人。以“永远的刺客”和“霸者之首”间的对立为中心，常会造成历史的变革（也正是本作标题“历史机关说”的概念）。
德川家康也是永远的刺客，所以在本作中日光东照宫就是拿来作为放置大坂之役中被封印的首级的场所。
獬豕纹徐福之器（獬豕紋徐福之器（がいちもんじょふくのうつわ））
受到秦始皇命令封印“霸者之首”的方士?徐福为了能顺利将“首级”带到蓬莱国（日本）加以丢弃，而用来搬运的容器。制造方法在现在的“高丽之里”依然留存着。受到茨木苍铁的请求，而在高丽之里再度制造（另外，窑工人们对于苍铁的请求却没感到惊呀，似乎不是所有高丽之里的居民们对于“霸者之首”都有全部的认识）。
幻影士兵（幻影兵士）
从壶中出现的烟雾状士兵。在海和水井中出现。虽然不能用现实的方法打倒，但能用火打败他们。
手球歌（手毬歌）
赫乃丈常唱的手球歌。（从第21话开始） 内容是被舍弃的孩子的心情。耀次郎也知道这首歌，所以这首歌和月泪刀就成为两个人的共通点。另外这两人会知道这首歌的原因，是因为他们在小时候都住在高丽之里。
