在年号“平成”二十几年21世纪的日本,延续著由江户时代开始的德川幕府,第25代将军德川庆康统治的盛世日本。而距离首都百公里的圣峰富士山山麓之上建立的巨大学园“武应学园”。在由德川家组成的学生会,执行对反抗的丰臣派的“丰臣狩猎”,在学园中掀起的巨大风暴。
就读“武应学园”亦身为柳生道场代理教练职务的柳生宗朗,对学生会的“丰臣狩猎”行动抱持疑惑,在道场中独自进行练习时,一名全身赤裸带着大小两把日本刀的少女穿过道场屋顶从天而降, 少女自称柳生十兵卫三严,并且使用华丽的剑术,击退带领风纪委员会来犯的服部半藏。之后一群拥有历史上有名武将之名的少女们也相继出现在宗朗面前……
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