2013年，居住在理想都市“NO.6”的少年紫苑，在9月7日迎接自己的第12个生日。不过，这同时也是改变他命运的一天。他和从“矫正设施”中逃出来、身为重大犯罪者的谜之少年老鼠相遇了。他窝藏老鼠的行为被治安局发现，令他和家人从高级住宅区“克洛诺斯”被驱逐至“下城”。四年后，由于谜之事件的影响，被卷入各种各样的事件中，和很多人相遇。然后知道了理想都市背面的现实，及理想都市NO.6所隐藏的本质与意图……
作中用语
NO.6（ナンバーシックス）
有理想都市、神圣都市等称号。医疗、教育非常发达，是世界仅存的6个理想都市之一，详细地点不明。边界以高墙围住，完全与外部隔离。NO.6的外侧分为东南西北四个区域。北部是广大的自然山林，完全受到保护；南部及东部是为NO.6提供大半食物的农地和牧地。西区参见下方。
市庁舎/月の雫（しちょうしゃ）
市中央的一个从地下5层至地上10层的圆顶建筑。被称“月の雫”。市庁舎周围有个超大的森林公园，占市内面积的1/6。
治安局
表面上是守护市民的警察。实际上是把反派的市民逮捕、抹杀、当爱丽乌丽亚斯（エリウリアス）研究用的政府机关。
保健卫生局
管辖市立中央医院，公园管理事务所和老人设施“黄昏之家”。每年选拔2岁的天才幼童。
负责爱丽乌丽亚斯研究（实验样本从矫正施设运来）。研究寄生蜂的成长。
市立中央病院
保健卫生局管辖的最高设备医院。参与爱丽乌丽亚斯的研究。
黄昏之家
表面上为NO.6最先端的老人安治设施，实际上是使无工作能力的老人安乐死。
中央管理局
NO.6的市庁舎的中枢机关，负责管理市民个人情报。
克洛诺斯/黑色巢穴（クロノス）
为NO.6的高级住宅区，只有被认定为智能最高级别的人以及其家属才可以入住。
下城/失落之镇（ロストタウン）
低阶市民居住的地方
矫正施设（きょうせいしせつ）
远离西区的空旷土地，以监禁、感化NO.6的罪犯。
只有一条路可通。非常巨大的建筑物，以不规则的长方体组成。
NO.6没有审判制度，以治安局负责逮捕、监禁嫌犯，并安置在此。但No.6的犯罪率几乎为0，所以主要监禁西区的人民。入监服刑时，为防止逃走会在人体内植入VC（Violence-Chip）芯片。刑期以年齢、前科、罪名而定，从1年至无期不等。
实际设施内负责研究爱丽乌丽亚斯（エリウリアス）的行动。需要使用人脑，除了犯罪者以外，也透过每年的“大扫除”获得。
西区
位于NO.6外部。矫正施设附近的特别警戒地域。是NO.6以外有市民的地方。沿着No.6外壁的密集建物。有许多旅店和餐厅，有着繁荣的商业。但是大多数的房子都很破烂，比失落之镇还糟，而且没有警察，治安极差。市民需要特别许可证明才能进入，且申请特别许可证明的考察非常严格。
爱丽乌丽亚斯（エリウリアス）（声优：大地真央）
与森之民生活，并拥有比人类高的智慧。寄身在有大脑的生物中（人类最好），有着像蜂的外观。被森之民以“神”称之。因为她的力量引发了NO.6的“大虐杀”。矫正施设也为了做实验而成立。
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