正传“罪与罚与赎罪的少女(罪と罚と赎いの少女)”
“那アイ(眼/爱)会改变命运”(「そのアイ(眼/愛)が運命を変える」)
失去姐姐而过著懒散生活的男主角・皋月驱和他的青梅竹马水奈瀬由佳，突然一同被卷入一个染红的世界。然而，与另外4位来自相同世界少年少女一同被卷入到这个事件中，并且以打倒黑骑士们为目的。为了生存下去，并结束“赤之夜”，他们与黑骑士们的战斗也就此开始。
CrossOver追加平行外传“虚空镜界(虚ろなる镜界)”
“这是新世界的魔术(Real)”。(「これが新しい世界の魔術(リアル)」)
Xbox 360版追加的新系列，正外传两个故事开始于同一剧情时间点，男主角天见修隐藏他是位现代科学和魔术融合的“现代魔术师”的身份，并把距离他周围的时间、地点由手机发出。同时街上也谣传著“只要一看见分身(双重存在)后、之后就会行踪不明”。修以他身为现代魔法师的直觉察觉到这令人不安的迹象，就开始调查这起秘密失踪案件。但是他们在解决“双重存在”的问题并接连击败最后的主谋时，却使那能够对抗奈落陨落的力量“人工翠玉碑”彻底消失，于是百野刊在此之后开始正式插手正传的赤夜(幻灯结界)事件(虚空镜界篇自此结束，此时正传剧情尚未完结)。
后传“- Resona Forma -”
本作囊括Before·If·After三个故事，补完本篇中未能详细描述的过去与未来。
before
在原作‘11eyes -罪と罚と赎いの少女-’中登场，阻挡在主角面前的不死魔女“リーゼロッテ·ヴェルクマイスター”。本作将要描述这位魔女在过去与‘禁书目录圣省’的6位使徒展开壮烈死战之时的故事。
if
她唯一心爱的男人，是与她在约550前并肩作战的ドラスベニア国王，维拉德(ヴェラード)。维拉德使用拥有看见未来力量的魔具‘劫之眼 (アイオンの眼)’，让时间追溯到莉婕罗堤尚未成为魔女，走向残酷命运之前的时代，为了阻止纯洁少女 "莉婕罗堤·威尔克麦斯达"(リゼット·ヴェルトール)成为魔女而奔赴战场的故事。
after
原作‘11eyes -罪と罚と赎いの少女-’1年后的世界。由于魔女·リーゼロッテ而被迫面对严苛战斗的主角们，踏上了拯救世界的旅途，在这个过程中，主角与同伴们产生无法磨灭的羁绊。草壁美铃、橘菊理等三年级生，从虹陵馆学园毕业。驱等人则升级，各自欢乐的过著和平的学园生活。在平淡的日常生活中，他们面临了新的烦恼。
