东京大地震十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，当时亲身经历这场灾难的男主角“五十岚丸太”，却因当时的意外丧失记忆。现今的丸太与其他同学过着普通而平凡无奇的每一日，但这一切并未带来永久的幸福，而是死亡的开始。某天，一名红色男子“赤之男”突然现身学校，并将所有丸太的同班同学杀害，并置入一个红色核心在丸太的体内。原本见到事实的丸太以为将被赤之男杀死，醒来却躺在医院得以幸存，但这活着却彻底改变他的命运。被拯救后的丸太，表面虽在辨护律师“玉木常长”帮忙下，最后仍被莫名冠上莫须有的罪名予以起诉，最后的判决竟是处以“死刑”，被强迫送至民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（死囚乐园）”。死囚乐园是以东京复兴为目的，在日本建立唯一的民营化刑务所，表面上是为了各种囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是个利用死囚互相厮杀，并借此吸引大量金钱投资，把拥有特殊能力的死囚做为实验的不祥之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太先与死囚乐园的看守长“真纪奈”见面，了解此乐园对各种刑犯的残酷，绝望下，与青梅竹马的神秘少女“白”再次相遇，并展开对抗死亡命运的战斗……
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