就读箱庭学园的少女黑神目泷，是一名成绩优秀，运动万能，外表秀丽，家财万贯，十全十美的一年级生，于第98代学生会长选举中以压倒性的98%支持度胜出。她根据选举公约设置了“目标箱”，并招揽了青梅竹马人吉善吉和其他特别的朋友作为成员，一起解决学生的问题。
随着意见箱所引发的事越来越高调，统领学园的其他势力开始注意到黑神的异常性。在合作不果后，这群人正式展开各种抗衡手段。这些争斗的过程，使黑神显得更像一个实实在在的人类，继而被要求去面对千丝万缕的家族关系。尽管，她真正追求的事情，由始至终都十分简单……
用语
箱庭学园相关
箱庭学园
故事的舞台，创立年份近100年的高中。前身为“黑箱塾”，重头戏是要将各地的异常者聚集于此，推行高度机密的“玻璃瓶计划”。
班级编制
第1到4班为普通科，5、7、9班为体育科，6、8班为艺术科。以上的学生多被称为“一般”。
第10班为特别普通科，11班为特别体育科，12班是特别艺术科。以上的都是以特殊优待生的资格入取。以上的学生多被称为“特别”。
而13班则是“异常”班，即使人数超标也无妨。后来以紧急事项的结果而成立了类似的负13班，也就是“过负荷”班级，虽然草率成型，人数却多达千人。
箱庭学园学生会执行部
学园内代表学生的最高组织，负责管理大型典礼活动、管理委员会和各大学部的工作。按照惯例，由会长、副会长、书记、会计、庶务五人组成。
会长资格是支持率达全校半数千名以上，同样的只要达到合格人数就能成为即刻被罢免，前提是罢免人必须胜任学生会会长。
目标箱(目泷箱)
自第98代后设置的屋形意见箱，让成员可优先处理部分学生的问题和请求。
每当目标箱中的一件事被解决之后，学生会办公室就会多放一朵花，但是由于解决问题的数量和速度过于异常，导致学生会办公室空间不足，因而将多出来的花移置校园。
委员会
犹如一般高中，有着各项委员会负责学园中日常事项的管理。
风纪委员会
将学园治安的维持作为至上目的游击部队，人称学园警察。从理事会·职员室为首所有权力开放的独立特别任务机关。由于条件赋予准许携带武器。
选举管理委员会
无限地把公平，公正的选举的进行，正确的裁判作为目的的学园组织。在基本的是只选举期间职务，因而把自己称为背阴处的机构，还不忘要别人忘记他们。
特技相关
异常性(Abnormal)
世界上有三种人，分别是“普通”、“特别”跟“异常”。异常性就是与普通和特别不同的强化性质，背后支撑的是世间上最极端的物理常规和身体构造科学。
刚出生的小孩发育并不完全，但“身体的能力”并不会有很大的差别。大部分人都是因着环境的状况，驱使身体的构造发展和适应，造就不同的生活方式和才能，“三岁定终生”的原则就是如此来的。因着群体社会，不少人都有“普通”的品性，部分就会受超优质环境的影响和身边人的发掘而变得“特别”。
可是，异常偏偏无视了这些努力、环境、运气、才能和资质的影响，而是在于“身体的能力”一开始就跟其他人有着庞大的差别。究其而言，每个异常者的出现，本身都有一套由上天赐予的理论去解释，换句话说就是真正被天生注定的才能。不论身心年龄，只要知道自己被赋予的是怎么样的技能，与及技能可以达到的极限，异常想得到什么结果都肯定会如预期那般。
部分人为了培育出包含所有这些天赐异常性的存在，与及将其推展到每一个人类身上，便展开了经历数百年的“玻璃瓶计划”。
过负荷(Minus)
一种更趋近思绪、情感、妄想等心理作用所触发的现象，类似用超常的思考方式来感变周遭所谓的平常。
有别于异常性的是，过负荷并非出于天生“身体的能力”，而是因某些后天环境和状况而产生的负面思想。这种现象归因于由自身沉重的感受，向外传达的实体化的扭曲意象和创伤。如果说特别和异常等等令自己感到比其他人优越，那么过负荷就是令自己感到比其他人卑劣。偏执的意象如果没有连根拔起，是可以完全不受自主控制，力量不发动的时候都可以令周遭出现物理性影响。
有一些过负荷甚至会用极端的心情去牵制另一个极端的心情，结果成为披着正常外表的“负完全”，故意作出行动时都可以看似没有心情起跌那般。
恶平等(Not Equal)
主张现世中一切都要趋向平等，在世界定律容许下除去所有的不平等关系。
世界上有着无比的相对关系，如光和黑暗、正义和邪恶、毒和药、胜和败、强和弱、黑和白、成功和失败、幸福和不幸等等。但这当中往往有部分是出现缺陷，被其中一边操控大局。恶平等认为不论是非，这些状况都必须矫正，要么创造与之对立的存在，要么把操控大局者抹杀，让世间一切恢复平衡。
根据安心院的说词是，恶平等一共有七亿人，相当于每十个人就有一名是恶平等，其中亦包括参加目泷后继者选拔的600名参赛者。这些人都是安心院一个人的分身之一，但每个人都拥有个性、意识、内涵、感情、过去还有生活，所以每一位恶平等被赋予的最初使命，也就是所谓的“自由”。每个人生存下去的理念，是不要计较生活中的高低得失，最重要是把握自我意识，好好解决眼前的问题。
风格(Style)
影响世界运行规律(Pattern)的攻守方法。跟异常和过负荷等技能截然不同，前两者仍可用现世中一些超乎想像的科学和医学理论去解释，惟风格就连这些理论和概念都可以推翻，令倚赖那些生存定律的人出现物理上完全无法解释的异变。前提是使用者和被施加者之间拥有理性交流的基础，面对情绪激烈的人会因无法正常传输而导致失效。
由于风格(规律)本来就是千变万化，所以使用者之间即使有实力高低的分别，仍可以用招式上的相生相克，束成意料之外的结果。旗下亦有着许多分支，其中较多人是巧妙地变换字词的言语使，亦有卡片封印和返老还童等的超自然现象。使用者的舌头都印有与其风格相关的字。
地下研究设施
箱庭学园作为烧瓶计划的研究设施，从地面以上的13层钟楼加上地面以下的13层，形成如同圆形实验瓶的设施。
拒绝之门
位于钟楼1楼的位置，是地下设施唯一的出入口，外面用电子锁锁上，而暗号是6位数字，不过被通过一人后每次号码就会变更，能通过的概率是一百万分之一超低概率，反过来说就是对能参加烧瓶计划的异常程度的异常者以外者就是不能通过。讲来十分严肃，结果却被阿久根用暴力破坏强制登门。
地下十三楼直达电梯
一楼的设施，简单来说就是能到达各楼层的电梯，然外头也用电子锁锁上，难度却在拒绝的门之上，因而能够使用的人却只有7个人(里之6人和云仙冥利)，而黑神是第8个人(回1楼时得知)。
地下一楼设施 巨大迷路
高千穗是这个层的居民。
地下二楼设施 日本庭园
日式的房屋、石灯笼，日本庭园的踏脚石，池子，小花园等被铺土的地板的，近似真实的自然空间。
糸岛军规是这个层的居民。
地下三楼设施 实验动物园
有很多很多动物，全部都由名濑亲手完全肉体改造，因此不怕黑神的“动物趋避”。
古贺是这个层的居民。
地下四楼设施 名瀬夭歌的实验室
名濑是这个层的居民。
地下五楼设施 停车场
百町破魔矢是这个层的居民。这里的车全是百町破魔矢的，后来因凶化合宿的关系遭到-13班的袭击而毁坏
地下六楼设施 图书馆
上峰书子是这个层的居民。
地下七楼设施 温泉
汤前音眼是这个层的居民。
地下八楼设施 大舞台
鹤御崎山海是这个层的居民。
地下九楼设施 坟场
宗像形是这个层的居民。
地下十楼设施 美容院
筑前优鸟是这个层的居民。
地下十一楼设施 球赛场地
云仙冥利是这个层的居民。因为被剔出计划，现在是跟下层打通的。
地下十二楼设施 游戏中心
采用最新技术集结的游乐设施，为了磨练著行桥未造接收的灵敏度。
行桥未造是这个层的居民。
地下十三楼设施
都城王土是这个层的居民。没有任何标示，只有13万1313台超级电脑并24小时365天不断运行着，全部用来对异常者的分析。
也由于考量电脑的散热，因而室温如同在冷冻库一般。
地上五楼 机械室
学生会选举战
罢免现任学生会时所举行的选举战。参加者必须集齐反对者的签名，与及集齐五人的团体去参与角逐，胜者方可继任新一届学生会。
由于规则上有很多可以钻入的缝隙和不同的解释方法，所以选举管理委员会拥有所有比赛事务的最终决策权。
如果有成员因事故而无法上场，委员会是容许公平情况下的替代者。
毒蛇的巢窟
人吉善吉对球磨川禊的庶务战斗法。
被认为是在13决斗法中最残酷的。在学校操场中开凿一个10*10*10的立方洞口，地下布满著名为龟壳花的毒蛇，由上方搭建未固定的铁网，虽无时间限制，但如果铁网触底就必须判处平局，而且会遭到毒蛇攻击，虽然不是必须承担的风险却也十分危险。获胜条件为成功夺取徽章，或某方投降两种情况。
冬眠与脱皮
名瀬夭歌对志布志飞沫的书记战斗法。
同样也是13种决斗法中最为残酷的规则，在摄氏负48度的学校食堂冷冻库中进行。获胜条件是剥光对方身上衣服，时间同样也是无限制。
火付卯
人吉瞳及人吉善吉对江迎怒江及球磨川禊的会计战斗法。
于植物园“树影筛落”中举行。采2对2的方式进行，时间限制为1小时，双方各自持有打开对方手环炸弹的钥匙，获胜条件就是局限在用钥匙解除己方的炸弹，而只要其中一方解除后就结束，所以一旦时间到就以平局告终，同样的双方不能将钥匙藏匿起来，同时也不能毁坏钥匙。
狂犬陷阱
日之影空洞对蝶蝶崎蛾蛾丸的副会长战斗法。
在只有钢筋的建设中校舍举行。获胜条件就是将对手逼落地面，即便建筑倒塌，只要参赛者没有直接触碰到地面都仍可获胜。为了安全起见，建筑内部挂着许多铁网。
人间竞赛
黑神目泷对球磨川禊的会长战斗法。
整个箱庭学园偕属战斗范围。获胜条件是认为自己输的一方就算输。
接班人系统
作为因应对恶平等的对抗所提出的策划，同时也针对孕育次世代接班人的育成计划。形式上采取‘参加者跳级’，目的是为了让参加活动的中学生以‘体验入学’的资格，在两个学期之间———也就是9月到12月的期间，一边学习，一边担任学生会执行部的见习生的培训。每个月还必须举行一次特别企划。
越野识途比赛
实际内容是寻宝比赛，透过最初的提示导向然后以闯关方式进行，直到最后找到宝物的简单规则。
第一关 暗号文
最初的提示，解开地图背面的暗号后将只引下一关的去路。
第二关 读书対决
寻宝探险第二关，由钟塔入口的图书委员长十二町矢文镇守。
挑战者须以身上某个物体作为抵押，然后选出一本书以出题者的方式出谜题。问一个问题需要放弃身上一件物品，只要关长无法回答或回答错误即可过关。
第三关
挑战以前要先选择墙上分别写着“S”和“C”的分岔路。
第三关“S” 无人气投票.同伴分裂选举
“S”是指通向选举管理委员会的大刀洗斩子，SLEEP。
写出在队伍中最讨厌人的名字以及理由，得票数最高者将被放逐(进入下一关)，其余的人则在活动结束前在房间等待，一人一票，禁止商量讨论物件，并且无法投给自己。
第三关“C” 下棋
“C”是指通向风纪委员会的云仙冥利，CHILD。
赢者过关。
第四关
第三关完结后再次会出现分岔路，分别在墙上写着“1”和“2”。“1”是布有陷阱的通常关卡，“2”是通向中楼第五层的机械室，由保健委员长的赤青黄担任主考官。
第四关“2” 痛感的殿堂 完全神经衰弱
根据注解，神经衰弱是日本的一种纸牌游戏，主要考验记忆力。使用一副扑克牌，去掉王牌然后打散牌组，并且平铺于桌面，由猜拳来决定开始。
每轮轮流翻开两张牌，数字相同就拾起，不同就盖上，然后换对方翻牌。最后由牌数最多者为赢。
完全神经衰弱的特别处是采行完全轮流制(抽中者只能抽两张牌，然后轮替下一人)，并使用两副牌组，还有要求花色必须相同才能拾起，而最后的成绩并非牌数多寡，而是比累积纸牌的数字，得分数越高者获胜。总计分数416分，只要超过半数就能获胜。
完全神经衰弱其中还混有王牌，如果抽到牌组“A”可得14点，抽到“王牌”，桌面的就必须重新洗牌，而抽中“王牌”牌组，则双方的得点分互换。
第五关 料理对决
位于钟塔第十层，由食育委员会镇守。
每人做出一道料理，通过超理师米良孤吞的认可即可过关。
第八关 猫狗大战
位于钟塔第十三层，由饲育委员会镇守。
过关条件是将第八关的房间内除了委员长以外的20只猫关进笼子，附加限制是禁止使用暴力和药物催眠。
第八关追加战 斗犬
原主题是猫狗大战，内容却跟狗无关。真正的第八关，由追加主题“力量的比拼”来补足。限时5分钟内打倒面前的敌人，赢出的一方方可离开牢笼。
最终关 魔法冒险
位于钟塔展望室，由美化委员会镇守。
内容是打倒美化委员会委员长幻想中的魔兽“刻耳柏洛斯”。
奖励关卡
位于钟塔顶楼，由学生会长黑神目泷镇守。前置条件是早前必须通过五关以上。
又称目泷关卡，是个可选择不参加的关卡。过关条件是射门射进一次就算通过，守门员由目泷担当，只有一次射门机会，输的人就得取消参赛资格。
黑神家族
漆黑宴
由月下冰人会所举办，目的是挑选出够格成为黑神家族的婚约者，包含了七个分家：鹤喰、潜木、寿、桃园、赘波、叶野、杠，并由月下冰人会担任裁判，由于本家黑神的强大势力，导致了七个家族的明争暗斗，些许恶趣味的活动。
第一次会场-“BLACK” 航空战舰
第二次会场-“暗黑要塞” 南极大陆黑神基地
第三次会场-“月球” 由武器子的一等品收藏-火箭“黑色光速”(造价1兆7000亿日圆)乘搭前往
一京分之一的技能
安心院拥有的1京2858兆519亿6763万3865个技能，平日可跟其所属分身份享使用。
因为数量之多而要用上性质分类，分为后继者篇登场之技能(10)、刀剑系技能(100)、格斗系技能(100)、魔法系技能(100)、精神系技能(100)、生物系技能(100)、首领系技能(100)、枪弹系技能(100)、忍者系技能(50)、Jump系技能(50)。
