2025年4月，一场不堪的灾难降临在冲绳的小岛上。而这个本来看似十分和平的岛屿，亦已经在若干年前宣告名义上的独立，伴随而来就是与美日中三大强权，以致整个国际之间的多重摩擦。原本和青梅竹马荒田?奈留轻松地驾乘飞行平台的少年——深井?苍，就在这个环境下遇上启动兵器IFO的契机。登上曾辨识其母亲的驾驶舱后，等待着他的包括保护世界的任务、充满迷团的敌人Secrets和随之相关的珊瑚岩、国际政治上的纠葛，以及一段既是过去又是未来的故事。
世界观
平行宇宙（多元宇宙論，Parallel Universes）
本作延续了《剧场版 口袋里的彩虹》的一些平行宇宙概念，在珊瑚岩具穿越时空能力的设定下加以发挥。只不过是次所阐述的故事并不直接包括剧场版的平行宇宙，而是建基于前作电视动画的宇宙及本作的多个平行宇宙。
引发点是在于前作宇宙的公元12006年，因为兰顿和艾蕾卡促成人类和科拉利安的共存和结合，让珊瑚岩离开，寻找与人类共存的另一个宇宙。然后它们在一些不受欢迎的宇宙被Secrets的狙击，促使珊瑚岩利用到石英核心逃到到不同过去。此举再促成多个平行宇宙的出现和分裂，因着珊瑚爆炸发生与否，把世界导向不同的未来；只有兰顿和艾蕾卡那段成为传说的经历，在任何宇宙不会受到任何改变。就著过去的不同，有些平行宇宙会正常导向近似前作的结局（即出现兰顿与艾蕾卡在月球上的爱的印记）；亦有些会加速人类社会灭亡，束成兰顿和艾蕾卡不断用Nirvash跟珊瑚岩和Secrets作战的宇宙，也就是带入本作故事。
人择原理（人間原理，Anthropic Principle）
不少科学家和科幻小说提倡的概念，指出万物与自然是被知性生命体发现的，而现实的宇宙正正会按著每个个体的目光而产生不同；没有允许观测者的存在，就不能构成用来被观测的宇宙环境。
兰顿指出为了生存的珊瑚岩早已打破这个原理，使用石英去自由穿梭各个平行宇宙和时间。此举让一些宇宙不当他们为应有观测者，而把它们视为不应存在的威胁，从而产生用来狙击的天敌Secrets抵抗。而作为普通的人类，则显然受到原理限制；虽然仍可用石英枪进行跳跃，但转移后不会同时存有多个宇宙的记忆。
就著这些被阐述的内容，观众可以理解珊瑚岩其实正迈向完全荒谬人择原理（Completely Ridiculous Anthropic Principle）的存在。
珊瑚岩（スカブコーラル，Scrub Coral）
与前作设定相若。拥有知性的岩石状物体，会和其他物体融合，以此作为唯一的交流方式，进入不停自律进化的循环。此举驱使其不停吞噬地球的地表和生态环境，造成连环的珊瑚爆炸，更引来Secrets进攻，给人类带来了极大的恐慌和威胁。而在本作中，由于自身对生存的极度渴求，所以自律进化已达到连时空及平行世界跳跃都可以做到。
要使爆发暂停，按过去经验所见是需要取下于内部核心的“石英”（Quartz），并让其处于平稳的状态。此亦为蓝色世代各小队的主要职责，而中日美三大国际势力亦有私藏部分石英作大型实验。经研究后被发现蕴藏大量光粒子能量。后来经兰顿证实，石英的真正功用是用来穿梭不同的平行宇宙，暗示珊瑚岩停止爆发的真正原因是对于不能再穿梭世界感到迷茫。
后来经奈留神交后证实其诞生原委。前作被视为珊瑚岩衍生的智慧生命体“科拉利安”（Coralian），实质上是最根本的天外来客，是所有事情幕后的真正主宰（为免混淆，奈留曾以“珊瑚基质”去形容这些根源）。它们来到地球后与濒死的珊瑚融为一体，成就了可跟地球沟通依存的珊瑚岩，引发所有的故事。
光粒子（トラパーの波，Trapar Waves）
与前作设定相若。全名为“Transparence Light Particles”。通过这种空气粒子提供的能源和浮力，人们才可以自由地驾驶各种空中交通工具。
后来经奈留神交后证实，是珊瑚岩身陈代谢的作用物，高浓度之处会让它们同化与吞噬的行动有所强化。
珊瑚工厂、珊瑚携带者（プラントコーラル、コーラルキャリア，Plant Coral、Coral Carrier）
珊瑚岩停止活性化以后，负责尽快提取光粒子能量的工厂。10年前的冲绳事件，令联合国旗下同盟国纷纷到当地设立相关工厂，唯独日本政府高层决不沾手。
由于珊瑚岩能量可以随光粒子挥发，所以亦可以感染珊瑚工厂附近的人类，使他们成为“珊瑚携带者”（Coral Carrier）。基本上，他们都会按珊瑚岩的依存比例，而对其特性有着不同情度的承继，如听到其他珊瑚岩的呼唤、跟光粒子推动的IFO产生较大共鸣、以至短暂穿梭平行宇宙和时空等等。不少民间珊瑚携带者曾因此而纷纷聚集到珊瑚工厂外部，要求停止开采和狙击之类的干扰行为。美军亦曾运用这些特性，在部分军人身上培植珊瑚岩，造就大量合资格驾驶员。
只是后来的研究发现，携带者于高浓度光粒子的环境下，被身陈代谢加速的珊瑚岩反噬，结果令IFO军队、珊瑚工厂外的居民与支持者、以至苍这种同时具有人类和科拉利安血统的孩童，曝露于庞大的危险之中。国际社会认称这些事实以后，珊瑚工厂和光粒子企业等等的发展都被重新审视。
石英核心枪（クォーツ?ガン，Quartz Gun）
Nirvash系列中最特殊的武器，由“蓝色世代”回收的石英核心时意外组成。
可以快速吞进石英核心，以庞大能量发射大规模的攻击光波。但此举亦会同时引起七波现象，改变使用者以外所有人的认知和经历，也就是转向另一个平行宇宙，而被打中的事物则会是时空改变中最大的分歧点，譬如某件事物的消失或形态转换。由于后果难以估计，Secrets和“蓝色世代”等人都对此特别顾忌，美军则因为实战效果而对其虎视眈眈。
发射了三次以后被过于庞大的转移破散。
Secret（シークレット）
被珊瑚岩引来的粉紫色怪物，别称“G Monster”。构造上混合了有机物和无机物，未能完全理解。以光束炮为武器，并以光粒子为环境辨知的媒介，但对IFO的辨知相对有数十秒的迟钝，因而让蓝色世代容易就其划出“战斗区域”（ZOA，Zone Of Attack）。
拥有自律进化的能力。纵使是光粒子能量以外的武器，只要Secrets不在有限时间被打败，就可以完全辨识，即时作出最新的应对措施。这能力亦解释其吸取能量后如何展现各种形态。
性质上跟盖欧格十分相似，一个个体可以跟其他运作相似的Secrets共享资讯。后来成功与人类展开沟通，辩称是为了狙击珊瑚岩而自然产生的天敌，不取下珊瑚岩和关键的石英核心就不会收手，堪如宇宙当中的白血球。只不过过程中往往遇上顽强抵抗，促成珊瑚岩的防卫性爆炸，影响四周的环境。而若果有行为是直接和间接地阻碍破坏珊瑚岩的行动，Secret都会自动把它们视为同等威胁，其中就包括在不同时空都对其狙击的Nirvash。
起初视不停狙击的蓝色世代为敌人，后来在社长等人了解真相后达成和解，决意先打下不顾后果地铲除珊瑚岩，对抗宇宙万物的图鲁斯。
日本军方面则一度主张Secrets的真正目标应为光粒子，所以一定要铲除珊瑚岩和停止相应的珊瑚工厂。
国家及组织
蓝色世代（ゲネラシァ◇?ブル，Gènèration Bleu）
民间军事企业。背后支撑为涉足公关事务的母公司“大蓝世界”（Big Blue World），在瑞士少女峰建立根据地。
起初是为了排除Secrets而成立，主力负责危机拯救。后来在收集大量石英核心的时候，在外太空和地下设施展开了另一种机密研究，被称之为“珊瑚遗物”（Coral Relic）。而在长期发展后，总部已经犹如一个独立的城镇般，让成员在模拟室外的环境下生存，平日享有各式各样的娱乐和衣食住行服务。而为了更有效宣扬企业工作，部分前线人员更被邀请去进行社内外的拍摄，其中斑衣笛手小队就有一部名为《帮助我们！班衣笛手！！》的周边动画。
招揽的驾驶员大多是经历珊瑚爆炸，并作为轻度珊瑚携带者的孤儿。而旗下队伍以童话角色命名。
由于爱莲娜和芙蕾雅为了救出苍而强闯美国的军事管制区，所以立场开始惹起国际怀疑。其后又因为图鲁斯引起了宇宙轨道上的乱局，使美军有借口进攻总部。最后在企业各派独立下，彻底崩溃。
于第二次石英枪发射后改为被一班背叛的联合军狙击总部，于是跟主要联合军一同去进行反击战。
斑衣笛手小队（チーム?パイドパイパー，Team Pied Piper）
金发女孩小队（チーム?ゴルディロックス，Team Goldilocks）
丑角小队（チーム?ハーレクイン，Team Harlequin）
日本（日本）
等同于现时日本，但不包含冲绳和海边的关联岛屿。军方长期监测独立后冲绳的海域。
政府于10年前事件后一度想回收定性为危险的珊瑚岩，最后却促成美军协助冲绳独立的契机，从此对珊瑚岩相关的事情显得冷漠。然而，军方仍有不少要员期望国家可以在IFO技术，和国际危机的谈判桌上有着更多话语权，结果促成不少私下的珊瑚岩研究。
起初占有艾蕾卡10年前留下的Nirvash，但没有关键的启动装置，所以只是在舰战上作配备。
美国联邦（アメリカ合衆国）
既往的军事强国，一直积极进行海外任务。
于10年前的珊瑚岩事件遇上解决方法后，乘着自己的国际地位强占了不少IFO技术，与以此起家的蓝色世代不相伯仲。为了显示强势，经常用各种政治手段，去阻碍“蓝色世代”的无国界拯救行动，惟最后实质操控的珊瑚岩可谓少之又少。
对“蓝色世代”的机密研究十分注视，接二连三派驻间谍去打探消息。有关IFO要由珊瑚携带者驾驶的事情，以及于人体培植珊瑚岩的可能性，似乎都是由这个渠道得知。
联合军（連合軍）
集合各国军人的综合部队，最初活跃见于对抗Secrets和珊瑚岩的事件中。大部分成员都来自美国，因而令两者政治立场亦差不多，亦可视为美军合法地对抗“蓝色世代”的踏板。
在Canon跟图鲁斯合体后的怪物出现后，开始知道珊瑚岩的真正威胁所在。内部成员开始纷纷变节，不再跟“蓝色世代”对抗。
于第二次石英枪发射后出现一班背叛的联合军，意图与提倡保护珊瑚岩的人合作，私自夺去珊瑚岩和相关的光粒子利益，结果促成主要派别跟“蓝色世代”合作对抗。
冲绳诸岛联邦（沖縄諸島連合）
名义上已跟日本独立的小岛群，但日本、中国和美国经常在附近领域进行军事巡逻和行动，使当地居民没有真正感受到独立。苍等人居住之磐户岛原本倾向相关政权，却因为独立条文的含糊地方而未有彻底成事。
10年前出现了世界最大规模的珊瑚岩爆发。由于当时已了解到光粒子的价值，所以当地领导都不愿跟随日本指示将其移除，结果在美军介入下束成了独立。为了更有效展现实力，更成立了私人的冲绳海上自卫队，同时以寄留苍一家人和珊瑚岩的濒密爆发，争取上作为国际补偿的利益。
机体
IFO
全名为“Intelligence Flying Object（智能飞行物体）”，是发现光粒子能量和Nirvash type ZERO spec2出现以后，模仿它们特性而制造出来的机体，作为对抗Secrets的主力。
原则上只有珊瑚携带者可以驱动其引擎，但更为关键的第三引擎一直都未有完成研发。后来暗示是驱动引擎力量源于驾驶者的某种执著，设定上颇接近前作的魂魄起动器。成功打开以后，机体大致可以跟上驾驶者的意识，促成更快的速度和强大的战斗力，贴近前作LFO的形态。
普遍有战斗机器人和滑翔机两种形态，并使用飞行模式或者机载浮空系统，滑行之处会出现亮眼的光粒子轨迹。RA编号为“蓝色世代”独有的纪录方式。“蓝色世代”旗下机体的名字大部分都取材自弥撒歌曲，美军则是以国内名人命名。
RA272 Nirvash／Nirvash Neo（RA272 ニルヴァーシュ／ニルヴァーシュ Neo）
由苍驾驶。具有灰色底色，面色则为淡灰色，并附有红色标记。
人型IFO兵器的其中一部原型机，机器人形态会附带一块滑板，速度上远超其他机体。由兰顿仿照Nirvash type ZERO spec2制造出来，亦是唯一一部有搭配专门滑板飞行的机体。与原型机最大的分别是座位数量。
在13年前与艾蕾卡初次出现，身为第一个可以对抗Secrets和珊瑚岩的机体，所以后来被各国称为Mark-I。于10年前艾蕾卡下落不明后，机体进入了沉睡状态，曾辗转落入了日本军手中。
曾被日本军不合法地收作战斗备用，意外由苍驾驶，有轻微的自我意志的表现。由于是所有IFO的原型，所以亦能装上所有其他IFO的配件。
机体于第二次石英枪发射后出现突变，与图鲁斯合体，并因为珊瑚岩特质的混合，而成为了具有意识的LFO原型机。当中的突破包括更自由操作和时空穿梭的限制。后来又于第三次石英枪发射后抵受不住时空改变的冲击，烧剩了骨架。
RA164 Alleluia（RA164 アレルヤ）
由芙蕾雅驾驶驾驶。武装较少但机动力强，主要负责电子战和敌人诱拐。
RA301 Kyrie（RA301 キリエ）
由爱莲娜驾驶。机体两边配有重击武装，在远距离射击中有压倒性的优势。经队伍商讨后搭载着更多特殊装备。
RA169 Requiem（RA169 レクイエム）
由克洛伊驾驶。电子侦察战机，跟随小队统一之军绿色。
RA121 Gloria（RA121 グロリア）
由美芙驾驶。空战主机，跟随小队统一之军绿色。
RA302 Credo（RA302 クレド）
由玛姬驾驶。炮撃战机，跟随小队统一之军绿色。
RA122EB Sanctus（RA122EB サンクトゥス）
由刘瑛驾驶。空战主机，跟随小队统一之银色。格斗战时用着特制的铳火器。
RA121E Recordare（RA121E レコルダーレ）
由丽乐朵驾驶。炮撃战机，跟随小队统一之银色。双手平常藏在肩膀内部。
RA122E Benedictus（RA122E ベネディクトス）
由拉吉库玛驾驶。电子侦察战机，跟随小队统一之银色。肩膀和下半身全是感应器。
Eisenhower（アイゼンハワー）
美军持有之量产型IFO。
Abraham Lincoln（エイブラハム?リンカーン）
大型IFO，功能媲美空中战舰，必须由3人操控。内里可储存大量Eisenhower，惟容易损耗的性质令其不常出动。本质是为了Secrets的战斗而研发。
LFO
与前作设定相若。全名为“Light Finding Operation”，为公元12000年左右，从珊瑚岩地表发掘出来的重型武装机体。因为拥有珊瑚岩所赋予的生命特性，所以被说成是真正的原型机。
Nirvash type ZERO spec2（ニルヴァーシュ type ZERO spec2）
由艾蕾卡驾驶，是其经历时空跳跃时的唯一陪伴。大部分与前作设定相若。被艾蕾卡指出“它里面是跟自己一样”。表现出浓烈的自我意志，与前作一样能对艾蕾卡的指令作出反应，并主动保护艾蕾卡，亦因为这样而遗留在图鲁斯的手上，并将其献给奈留。
Canon（カノン）
别名“IFO Zero”。当年从苏联珊瑚岩遗迹发现的原型，但多年来未发现操控方法，所以长时间埋藏在“蓝色世代”地下的秘密储存库。后来因社长引爆地下储存设施，机体与图鲁斯融合，成为揉合IFO和Secrets战斗方式的怪物，主要武器为电子光炮和猛烈冲撞。
于第二次石英枪发射后改为被背叛的联合军抢走，被苍打败。
Nirvash specV3（ニルヴァーシュ specV3）
由兰顿驾驶，外型近似Nirvash spec3与Nirvash specV的综合体，在公元12021年飞向七波。
空中强袭扬陆舰（空中強襲揚陸艦）
“蓝色世代”各小队的母舰。核心储存着3部IFO，可以透过下方的活门，即时前往世界各地进行任务。背面配备陆上作战用的指挥艇。
Triton（トリトン号）
斑衣笛手小队的母舰，辨认色为蓝色。曾于宇宙中监察冲绳。
Medon（メドン号）
金发女孩小队的母舰，辨认色为橙色。后来在加勒比海被Secrets击沉。
Poseidon（ポセイドン号）
丑角小队的轨道要塞，由宇宙监测世界各地的事情。
FP
全名为“Flying Platform（飞行平台）”。空中的汽车，跟汽车一样有不同的型号，以光粒子为主要动力。
月光号（月光号）
前作的主战舰，伴随少女艾蕾卡穿越时空，飘流于地球的卫星轨道。于穿越时空之前已经荒废，但因着其蕴藏的光粒子能量，所以被用来追查前作时点以后的珊瑚岩消失事件。
下北（しもきた）
日本军特命输送舰，原为运送未组装完成的Nirvash，后来被Secrets击沉。
