剧情描述一位12岁少年小杰·富力士寻找父亲——金·富力士的故事。猎人（HUNTER）一词是故事设定的世界中各种领域的社会菁英。此外，此本作的角色及设定用语请参考以下条目介绍。
猎人试验篇 No.001－038（单行本1卷 - 5卷）
自小生长在鲸鱼岛的小杰小时候因误入母狐熊的势力范围，就快要被攻击时，一名路过、名叫凯特的男子救了他。原来凯特是他的父亲──金的徒弟，凯特告诉小杰许多关于他的父亲及猎人相关的事情，因此小杰对金及猎人这个职业有很大的憧憬。他在考试的过程中结识酷拉皮卡、雷欧力、奇犽等好友，并与西索结下再战之缘。最后，在互相帮助下小杰通过试验成为猎人。
揍敌客家族篇 No.039－043（单行本5卷）
小杰、酷拉皮卡和雷欧力皆通过了猎人试验，为了带回回到家族的奇犽，三人往奇犽的家出发。三人顺利地来到奇犽家门口却无法进去，原来要进入揍敌客家必须打开沉重的“试炼之门”，否则就会被看门犬视为入侵者后咬死。后来在大门看守人皆卜戎的协助下，三人终于具备开门的能力，往本邸前进。被囚禁在家的奇犽在得知小杰等人已来到家中，在与父亲长谈后便前往与其会合；虽然奇犽的母亲反对父亲这么做，但奇犽的父亲却意味深长的表示，奇犽总有一天会再回来。
在奇犽还未与三人会合的空档，揍敌客管家梧桐对三人进行“猜铜板”考验，并透过此考验给予小杰忠告。四人再次团聚后，雷欧力为了准备医学院的考试要离开，奇犽和小杰则一起行动，酷拉皮卡则在猎人试验时，从西索口中得知幻影旅团线索与西索约在九月友克鑫市碰面，在那之前准备利用猎人身份开始工作与寻找族人的眼睛“火红眼”，四人相约在九月一日友克鑫市见。
天空斗技场篇 No.044－063（单行本5卷 - 7卷）
小杰为了要再次与西索交手，便与奇犽一起去天空竞技场修练顺便赚钱。在那里，奇犽和同年的智喜对战，并对智喜未知的力量感到疑惑，两人见到智喜的师父云古、得知那是神秘的念能力，云古便协助他们开发这种力量。因为小杰在修行“凝”时，所放出来的念能力，表现令西索激赏，也因此西索答应与小杰展开战斗的约定。虽然结果是西索轻松胜利，不过小杰也终于还了西索在试验时给予协助的人情，之后小杰和奇犽跟着云古和智喜修练，某天疾斗及狸狈多以卑鄙手段逼迫两人与他们展开战斗，但最终结果由小杰和奇犽获得胜利，此战过后两人也离开天空竞技场，决定回到鲸鱼岛。
返回鲸鱼岛篇 No.064－070（单行本8卷）
小杰与奇犽回到小杰生长的故乡──鲸鱼岛。而后米特阿姨把小杰父亲金?富力士所留下的小箱子交给小杰。小杰从而得知“贪婪之岛”（G.I）的存在。
拍卖会篇 No.071－119（单行本8卷 - 13卷）
主角4人再次在友克鑫市相遇。故事世界中最大规模的拍卖会在友克鑫市举行。小杰、奇犽和雷欧力涌进各种方法筹集资金购买名称为“贪婪之岛”的游戏，这是藏有金的线索的游戏，在过程中也与酷拉皮卡的仇人幻影旅团发生冲突。最后小杰和奇犽顺利得到玩游戏的资格，四人再次各自旅程。
贪婪之岛篇 No.120－185（单行本13卷 - 18卷）
小杰与奇犽进入由金与他的朋友们所制作──猎人专用的梦幻电玩游戏《贪婪之岛》，当他们进入游戏之没过多久就见识到此游戏的危险之处──并遇到了神秘少女比司吉，她看不下去小杰和奇犽的战斗方式，要他们拜自己为师，之后两人在比司吉的指导下修行并且一路闯关，在最后打倒了贪婪之岛中的凶恶玩家炸弹魔甘舒，并取得一百张卡片、破关成功。
蚁王篇 No.186－318（单行本18卷 - 30卷）
小杰与奇犽使用贪婪之岛破关奖品打算去找金。但是在那里等著的并不是金，而是凯特。凯特他们在未确认生物的探索和调查中，发现巨型嵌合蚁的残骸，一行人前往NGL。小杰和奇犽了解嵌合蚁的强大，在凯特的牺牲下逃出NGL。在讨伐队还尚未准备完全之际，嵌合蚁王诞生了。王率领直属护卫队和一部分士兵，在背后统治东果陀共和国，打算进行‘选别’（挑选）。为了防止更多的人死亡以及为凯特报仇，小杰一行人再次向嵌合蚁挑战。
十二支会长篇 No.319－339（单行本30卷 - 32卷）
十二支登场，尼特罗会长于嵌合蚁之役死后，从猎人协会会长退位，开始选拔新的猎人协会会长。全世界的猎人为了新的猎人会长选举一事纷纷开始活动；另一方面，奇犽为了拯救伤重的小杰而再度回到揍敌客家族。
暗黑大陆篇 No.340－ （单行本32卷 - ）
有天自称尼特罗之子的比洋德·尼特罗在卡丁帝国支持下向全世界发表招募同伴前往暗黑大陆的影片，在十二支们接获V5所发出的“追捕比洋德”命令的同一时间，比洋德主动前来被逮捕并要求交换条件──十二支需陪同他一起至暗黑大陆。同时雷欧力和酷拉皮卡加入十二支并接替十二支的子、亥之位置。
金以No.2身份加入比洋德雇用前往暗黑大陆的专家团队，后来当卡丁帝国的船发出后，和其他包括12支的猎人也登上船，酷拉皮卡成为第八王妃奥伊特和第十四王子的保镖，其目的为第四王子手上收藏的族人眼睛。船的目的地为邻近暗黑大陆边界的假想“新大陆”，航行过程中，王位争夺战正式展开。
