游戏原作的故事围绕着主人翁勇者吉尔为了救回被邪神德鲁亚加(ドルアーガ)抓走的恋人卡依，化身成黄金骑士，登上60层的“德鲁亚加之塔”──亦即“迷宫塔”中冒险;一边与怪物作战，一边层层推进…如此在巨大的塔中展开了无数的冒险故事。
迷宫塔 ～乌鲁克之盾～
以“世界的前途被那个塔捆上了”(「世界の行く末はその塔に束ねられた」)作为宣传口号，动画版本第一季之《迷宫塔 ～乌鲁克之盾～》的故事承接着游戏版本的结局，背景则设置在勇者吉尔之冒险的多年之后：
时光飞逝，勇者吉尔与巫女卡依的故事成为传说被传承到八十年后的世界，这时，吉尔已经击败邪神德鲁亚加并建立了乌鲁克国，成为吉尔伽美什国王。适逢每五年一度，因为天上阿努神(アヌ神)的保佑，塔内的恶魔们都于阿努之夏失去了它们的力量。终于第三次的阿努之夏将至之时，于塔内都市梅斯克亚(メスキア)，由吉尔伽美什国王所创建的乌鲁克国的军队为第三次出征作出准备;然而，听说塔之顶层沉睡着传说中的宝藏蓝水晶之杖(ブルークリスタルロッド，Blue Crystal Rod)，登顶者们都为此雀跃。大家都以讨伐恶魔为理由，向塔之内部进攻。实为传说中的“蓝水晶之杖”之争。从此，剑与魔法之大冒险随即展开!
迷宫塔 ～乌鲁克之剑～
自从第三次的阿努的夏天结束，基鲁与法蒂娜由塔的顶峰送回起点“塔内都市”梅斯克亚，时间不知不觉又过了半年…
当分别以基鲁及尼巴为首的两队登顶者、以及凯尔布率领的乌鲁克军辛苦攻上了迷宫塔之顶层，大家都以为打败邪神便能获得传说之蓝水晶之杖并结束这个旅程，怎料事实却并非所料：秘密、背叛、谎言…一一现在眼前;原来局中有局，这儿才是真正故事的开始!尼巴及卡雅的身影与幻境之塔一同消失;主人翁基鲁及法蒂娜无奈地被送回旅程的起点，而其他同伴则下落不明。但是，基鲁再一次下定决心，誓要再次踏上迷宫塔的顶层，进入幻之塔内，解开所有迷团。
特色
动画版之《迷宫塔 ～乌鲁克之盾～》以古代美索不达米亚神话为背景，风格奇幻，充满着魔法、怪物、侠士剑客。除了奇幻要素，故事亦走幽默、惹笑路线，对白抵死风趣，为一向制作严肃故事之GONZO的一套特别之作。
值得一提的是，第一集分成表、里两故事，于同日播出。表、里两故事的开始与终结是一模一样的，但中间的情节却不相同：表故事是以男主角基鲁的梦为骨干，当中不乏主角自己天马行空的想像情节，以惹笑抵死、甚至乎是“恶搞”的方式介绍了整个系列之背景与主角众奋斗的目的──可视为整个系列之序章;而里故事则以男主角的同伴之遭遇出发，过程当中巧妙地穿插表故事里主角的幻想情节，起承转合，于结尾处再次与表故事重叠。以两个首、尾相同，中间却互相错开又彼此交叠的故事分两集同日播出，这种新颖、复杂的结构为动画片中甚少见的。
