五百年前世界黑暗与光明之间的平衡由两大势力-安柏拉魔女(Umbra Witches)与流明贤者(Lumen Sages)-维系，双方亦各管有一颗能监察时间流逝之宝石“世界之眼”(Eyes of the World，亦称“左眼”与“右眼”)。两派后期爆发冲突，虽然安柏拉魔女取得优势但于人们的猎巫行动中被大量杀害，直至只剩下最后一人。
于现世中，持有“左眼”之魔女贝优妮塔(Bayonetta)于二十年前从湖底苏醒但失去记忆，平时利用运送遗体到墓园的工作猎杀天使。在情报贩子恩佐(Enzo)提示下，贝优妮塔前往欧洲城市维格利德(Vigrid)打听“右眼”下落。沿途上贝优妮塔分别遇上一名与她战斗方式相近之白发女子贞德(Jeanne)，一名因认为她杀死了父亲而致力追踪她的男记者路卡(Luka)，以及四元德成员勇气(Fortitudo)。贝优妮塔其后于一斗技场击败勇气，其死前道出“愿创造主祝福你”(May Jubileus the Creator grace you)之语句。
在经过弯月谷(Crescent Valley)与日出谷(Sunrise Valley)后，贝优妮塔再次遇上贞德并发现她与四元德成员节制(Temperantia)有所关连。贝优妮塔击败贞德后继续旅程，遇上一名视她为母亲之迷途女孩瑟蕾莎(Cereza)，贝优妮塔把她交予路卡照顾后击败节制并前往Isla del Sol小岛，沿途上亦击败余下两名四元德成员正义(Iustitia)与智慧(Sapientia)，三名四元德死前亦向贝优妮塔表示“愿创造主祝福你”。
贝优妮塔于岛上再遇上贞德，贞德表示贝优妮塔乃流明贤者之父与安柏拉魔女之母诞下之子(此举被双方视为禁忌，贝优妮塔亦因此被放逐)。贝优妮塔战胜贞德后获悉自己真名为瑟蕾莎，与贞德本为好友：贞德于多年前封印了贝优妮塔并把“左眼”交予她作为保护。
贝优妮塔其后与瑟蕾莎及路卡进入位于小岛上的最高大楼与巴尔德神父(Father Balder)会面，发现他是流明贤者最后一人亦是自己父亲，其计划使创造主复活使天堂、地狱与人界统一，但由于贝优妮塔失去记忆而把瑟蕾莎(小时候之贝优妮塔)送到现今时空而帮助她回复记忆，以此使贝优妮塔自身成为“左眼”。巴尔德于表示路卡父亲乃死于他手上后把路卡掷出大楼外，其后吸收瑟蕾莎并与贝优妮塔展开战斗，贝优妮塔击败他后救回路卡与瑟蕾莎。
贝优妮塔把瑟蕾莎送回过去后不久即因回复记忆而昏倒，毫发未伤的巴尔德随即把自己与贝优妮塔送进大楼顶部之创造主石雕像双眼。大楼顶部变为火箭把石像送上太空之际，贞德赶上火箭并救出贝优妮塔，石雕像随即成为创造主并把巴尔德杀死，贝优妮塔于击败祂后与贞德击毁变回石雕像的创造主并返回地球，继续进行猎杀天使之工作。
