《AIR》是一款日本视觉小说游戏，后来也延伸推出了漫画与动画作品。玩家在游戏中所扮演的角色为年轻男主角国崎往人，他为了能够寻找到母亲所提的“天空中的女孩”而于日本各地流浪，过着不断从一个小镇移动到另外一个小镇的生活。但由于只能仰赖用法术操纵自己手边玩偶的表演赚取金钱，也一直以来过着贫困的日子。在这样的情况之下，当他受到别人刺激时往往会表现出极为幼稚的行为。尽管与他人第一次见面时总是不愿意相信对方的品德，但是往人仍然尽可能帮助自己周边有需要帮助者，不过也常常烦恼如何赚取更多的金钱来支应旅费与生活费。之后他便在故事“DREAM篇”中的小镇遇见了《AIR》女主角之一的神尾观铃。当观铃一开始热情地尝试接近往人并提议两人成为朋友一起游玩时，往人原本认为观铃背后应该另有阴谋而不理会她，但是最后仍然接受观铃的建议一同生活在一起。观铃本身是一名性格开朗但内向、在行动上略显笨拙且天真的高中少女，平常喜欢到海滩上凝视着夕阳正在落下的天空，而在晚上睡觉时经常会梦见自己正在天空中飞翔的梦境。由于在沟通的表现上并不理想，观铃更希望直接找朋友一同游玩简单的游戏。当观铃感到困扰或者难过时往往会下意识发出“嗄喔”的声音，而这个习惯是童年时候模仿恐龙叫声而来的。 往人与观铃见面之后还陆续遇到其他女主角，分别是雾岛佳乃与远野美凪。佳乃是一名总是精力充沛、十分顽皮的女孩，平常会向他人说出一些十分育含有哲理的句子，但也十分相信各式各样古怪的传说。而佳乃的右手手腕上便系着黄色丝带，并且相信当她长大后解开丝带便能够使用魔法。佳乃与观铃就读同一所学校，并养了一只名叫作土豆的可爱流浪狗，特别的是二者能够直接以特殊叫声回应，像朋友一般地沟通。往人最后遇到的女孩子美凪则是与观铃就读同一个班级的优秀学生，在学校里则是一名个性内敛且文静的少女。美凪平常总是一个人做自己的事情，并且习惯缓慢地与他人对话且以赠送米券的方式来感谢他人。她在跟往人认识前只有小满这个极为活泼的朋友，平时两人会一同在小镇废弃的火车站前吹肥皂泡。
另外还有其他重要配角在3名女主角故事中出现。这包括观铃的小姨暨法定监护人神尾晴子，尽管晴子只是是指观铃亲生母亲的妹妹，但是对于观铃而言就如同她的母亲一般，然而由于害怕观铃最后会远离自己，晴子总是抱持着冷淡的态度来照顾观铃。另外还有则是小镇上唯一一家诊所的主治医生，同时也是佳乃姐姐的雾岛圣，雾岛圣在两人父母亲事后便一直像母亲般照顾著佳乃。最后一个重要配角则是美凪的好友小满，平常他就像妹妹一般跟在美凪的身旁，但是面对与自己意见不合的往人则常常使用暴力应对。而在《AIR》之中还有2只动物作为小角色出现，包括佳乃所饲养并且将它是为好朋友的奇怪流浪狗土豆，以及观铃在“AIR篇”故事之中捡来作为宠物的乌鸦空。
而在“SUMMER篇”的故事中也有3名生活在1,000年前日本封建时代的人物，这包括少数年轻的翼人后代神奈备命，但是由于担心她的力量造成破坏，朝廷虽然是以贵族般的待遇照顾，但实际上则是想借此来实施软禁。在得知备命想要出去外面寻找自己的母亲后，因此作为她的守卫之一的武士柳也和正在学习法术的女官里叶便协助她脱离软禁，但是他们在旅程最后遭到朝廷追兵攻击时只有柳也和里叶幸存。
DREAM篇
夏日热恋场景就这样轻轻淌过。
阳光下和女孩相遇的场景再次上演。
夏日也在某个地方持续着。
而她将会在天空中继续等待着。
“”
——视觉小说《AIR》所有版本游戏封面上的文字描述。
故事以男主角作为主要视角，并设计成与3名少女的生活都有着紧密的关联。在第一条故事路线“DREAM篇”之中，杂耍艺人国崎往人依从母亲的遗言，不断在日本各地流浪并寻找著“天空中的女孩”。故事发生在2000年7月17日星期一，其来到3名女主角所居住的沿海平静小镇。来到这个城镇的第一天，往人试图于路边以法术操纵唯一的玩偶进行表演以赚取旅费，并好不容易才吸引到一小批小孩子围观。但没有获得小孩子们的青睐，这些孩童看过表演后在没有付钱的情况下便直接离去。未能成功赚取到旅费的往人由于没有钱住在旅馆中，只能在当天晚上饥饿地睡在小镇海滩旁的海塘上。到了隔天，因为中暑而头昏脑胀，往人便被附近的渔民公会收留，往人在接受照料后逐渐清醒并于离去时得到一个巨大的饭团当作餐点。当他坐在小镇的堤防食用这颗大饭团时，他注意到身旁有一名笨拙的年轻少女看着他，女孩告诉往人她自己的名字是神尾观铃，并真诚的希望两人能够成为好朋友。观铃不断与往人搭话并热切地希望往人能够陪她一起游玩，但是往人以冷漠的态度不断拒绝观铃的请求，不过最后无处可留的往人在食物的诱惑下还是跟随观铃回家。观铃的姑姑暨养母神尾晴子在听了观铃劝说后，同意往人可以暂时住下，往人也决定先住在这栋房屋里并继续筹措旅费。稍后，晴子与往人聊天，她拜托往人协助纠正观铃会发出“嗄喔”声音的习惯。
往人隔天接送观铃前往就读的高中后，在路上遇到同样就读该所高中、名叫雾岛佳乃的女孩与她所养的流浪狗土豆。当天下午，往人还遇到了观铃的同班同学远野美凪以及美凪的另一名好朋友小满。就如同观铃一样，往人发现佳乃与美凪仿佛受到过去经历影响般有时会出现特殊的举动。佳乃告诉往人说在她18岁以前只要不把手上系着的丝带解掉，长大后便能够使用魔法。之后往人与观铃在晚间散步时在神社看见佳乃全身笼罩着耀眼的光芒，她随即昏迷过去。往人遂把佳乃背到她的家中接受其姐姐雾岛圣的照顾，然而在离去前偷听到“另一个”佳乃的声音。几天之后佳乃再次消失，往人前往神社寻找时看见精神恍惚的佳乃，佳乃看到往人后随即尝试勒紧住他的脖子。之后圣告诉众人说自从佳乃在前几年碰触神社内一根发光的羽毛后便开始出现了种种奇怪的行为。而为了避免佳乃再次承受不了压力而割腕，圣便将丝带系在佳乃的手腕上，并告诉她只要在长大前不把丝带解下的话便能够使用魔法。然而佳乃在一旁偷听之后便离开了诊所，并且留下一封信说要跟母亲一样飞上天空，而当众人于神社内部找到佳乃时她已经失去意识。往人借由自己的能力自佳乃胸中取出羽毛，并且得知羽毛上面记录着过去一名妇女和她的婴儿所遭遇的困境，而羽毛消失以后佳乃也恢复了正常。
在往人、美凪以及小满在火车站游玩并护送美凪回家后，美凪的母亲正巧在门口前欢迎往人照顾自己的女儿。但第二天往人想到美凪家中找美凪时，她的母亲却告诉往人说她并没有女儿。之后往人从美凪口中才得知她母亲自从妹妹小满流产之后，便一直把自己的女儿美凪当作小满看待。然而在昨天晚上在梦到流产事情之后选择接受这一事实，也伴随着被其视为小满的美凪也跟着遭到遗忘。听到这件事之后往人决定带着美凪离开小镇，但之后却把美凪带到她自己的家中，这也促使了美凪的母亲恢复了有关自己女儿的所有记忆。故事的最后美凪才得知原来陪伴自己的小满其实是“天空中的女孩”的翅膀羽毛所幻化而来的，其目的便是为了弥补美凪失去妹妹之后的思念与难过。在两人互相告别之后，小满便再次化为羽毛消逝于天空之中。
另一方面在往人与观铃相见不久，观铃也开始做一连串内容相关但神秘的梦，这也成了往人与观铃彼此之间紧密的联系。往人认为自己与母亲一直在寻找著“天空中的女孩”就是观铃，而自己便是为了要解除其身上的诅咒而出现的。当往人告诉观铃这则传说时，观铃已经深深爱上了往人，两人也发展出更为亲密的关系。但是根据往人母亲所说的经历，在过去往人母亲在找到“天空中的女孩”并与她成为好友时，后者便开始做一系列于天空中飞翔的梦；然而随着一次又一次的梦境也让她的身体渐渐变差，甚至也忘记自己过去最喜欢的往人母亲，最终便在最后一个梦做完之后随即死去。根据这个说法等到观铃15岁生日过后，便会因为“天空中的女孩”的诅咒而随着一连串的梦境走向死亡。同时观铃的母亲神尾晴子也告诉往人说观铃从小在认为快要和别人成为朋友时便会止不住的留下眼泪，而这也是为什么观铃始终都没有一个亲密好友的缘故，然而观铃仍然没有放弃要与往人一同生活着。在故事的后半段往人便不断尝试想办法拯救观铃，然而随着梦境的展开观铃的病况也越趋严重。往人原本想要先暂时离开观铃身边生活等待病情好转，但他想到唯一的方法便是有效解除观铃身上的诅咒后，于是开始向手边有着自己祖先们的魔力、从其母亲拿到的娃娃祈祷，最终随着往人的消失观铃的病况也突然好转了许多。
SUMMER篇
在下一个故事路线“SUMMER篇”之中，时间则回到“DREAM篇”发生1,000年前的平安时代。武士柳也被派遣担任传说中的翼人后代神奈备命的随身，并在这里结识了正在学习法术的女官里叶。尽管备命为游戏中虚构种族翼人的最后后裔，但是她就如同一名囚犯般被软禁在自己的神殿中；而尽管其背上有着常人没有的翅膀，但是备命仍然被迫不能擅自飞离神殿外的城墙，甚至也不能去探望同样被软禁于其他地方的母亲。就在皇宫高层强硬要求将备命另外安置于他处神殿时，担任随从的柳也与一旁服侍的女官里叶决定带着备命逃离神殿，并尝试前往纪伊国找寻备命的母亲。然而神殿的其他守卫很快便发现他们逃离神殿并且不断搜索三人的踪迹，双方也因此展开了多次的交战。而当备命等人前往疑似囚禁备命母亲八百比丘尼的地方时，遭到了当地佛寺的武装修士猛烈的攻击，在柳也与里叶的努力之下终于在地下牢房处解救备命的母亲并让两人相见。但不久之后来自皇宫高层所派遣的追兵也对一伙人展开攻击，备命的母亲也因为受到遭到弓兵射箭击中而死亡，而为了拯救柳也与里叶，备命决定牺牲自己的性命。然而在柳也两人逃出并由另外一间寺庙收容后，寺庙的主持告诉两人过去朝廷因为看中翼人强大的战斗能力而照顾一族，但是实际上只不过是将翼人视为一种兵器来看待；随着社会渐趋安定且佛教取代过去作为宗教的神道下，朝廷决定派遣部队消灭所有翼人的后代。同时主持告诉他们包括备命在内的翼人仍受到过去被杀害的士兵以及其他僧侣们的诅咒，被迫要接受不断的轮回且当她发现爱时便会一步步迈向死亡。而且一方面诅咒会不断延续给翼人的后代转世子孙。另一方面翼人本身会不断保有过去祖先的记忆并不断流传下去，这也意味着翼人的后代将会不断承接种种悲伤回忆并带着疼痛死去。同样受到诅咒而不能存活一年的柳也决定与里叶共组家庭繁衍后代，期望他们的后代子孙能够化解翼人身上无限轮回的诅咒，而在1,000年之后这则故事也就变成了翼人传说。
AIR篇
在最后一个故事路线“AIR篇”之中，往人的最终愿望便是拯救观铃的生命。故事再次从“DREAM篇”开始，但是视角转移到了观铃所发现，也是往人所变成的乌鸦“空”展开。在这故事路线中，玩家能看见“DREAM篇”中所没有露脸的往人样貌。故事中也提到晴子由于不断害怕有一天观铃会被自己亲身父亲带走，而总是故意疏离与她之间的互动。观铃在收留“空”并且将往人带回家后，她就如同这传说一般，身上的病情开始随着梦境而慢慢恶化。随着观铃只能够待在床上静养著，尽管不知道晴子感受的往人严肃的指责晴子并告诉她对于观铃而言她就是自己“真正的母亲”，此时晴子决定要面对自己的情感且前往观铃父亲家争取收养观铃。当她回到家后也开始将所有时间花在陪伴观铃身旁，但是随着观铃病情的恶化最后甚至还失去有关自己养母晴子的相关记忆。就在这时，观铃的父亲橘敬介出现并表示想要自己扶养观铃，但晴子恳求敬介给予更多时间来让两人相处，最后两人约定在三天过后便由观铃的敬介接走观铃生活。尽管这三天的生活看似没有将晴子与将其视作陌生人的观铃之间关系有所好转，但是当三天过去后敬介准备接走观铃时后者却坚持待在晴子身边，在发现观铃与晴子之间的母女爱后敬介决定让两人继续一同生活。虽然观铃与晴子两人过了一阵子快乐的生活，两人在这段时间中就像母亲与女儿一般亲昵的互动，晴子还是对有关翼人的诅咒故事十分恐惧，甚至不允许自己睡觉以免在睡梦中失去观铃。在观铃做了最后一个梦并于隔天上午外出时，她开始尝试以自己的脚离开轮椅行走着，观铃告诉晴子她已实现了自己的目标并度过了快乐的暑假，最终便在晴子的怀抱之中死去。之后由往人化身而成的乌鸦便再次展翅飞翔，继续寻找著“天空中的少女”。
在“AIR篇”整个故事全部结束之后，画则出现观看整件事情进行的两名年轻小男孩与小女孩，并在最后结束时小男孩说道：“等待他们（往人与观铃）的是，过于残酷的岁月；迎接我们的是，完全崭新的开始……永别了。
