东京的爱丽丝学园（国立爱丽丝研究机关学园本部）是一所特别的学校，只招收具有特殊能力“爱丽丝”的人，一旦入学就要等到毕业才可以离开学校。佐仓蜜柑与今井萤本来住在乡村地方，两人是同学也是好朋友。某天萤突然转学至东京的爱丽丝学园。而想念萤的蜜柑，离家出走到了东京，终于找到萤的新学校。然而蜜柑却被发现也有爱丽丝，并通过了入学考试并确认自己拥有无效化爱丽丝，正式成为该校学生，在那里开始新的校园生活。
爱丽丝学园设有初等部（三岁至八岁在A班，九岁至十二岁在B班）、中等部及高等部（高中和大学两年），校园占地极之广阔，范围大部分是森林，除了校舍和宿舍外，校园中心有商店市镇。为了防止学生逃出学校，校方以电网包围整个校园，触碰到电网的人会受到电击且即时被发现。若学生取得优等生奖，可以获准回家一星期。
这所特别学校有一些不为人知的黑暗面，有些学生感觉被学校利用，于是反对这所学校，成立及加入了一个神秘组织“Zero”（简称“Z”）与爱丽丝学园对抗。
每集列表
用语
爱丽丝
拥有天赋才能的力量以及有那个能力之人的总称，这部作品的主轴。各式各样的种类都有，对大众有用的爱丽丝到如技艺一般的爱丽丝都有。因为是出生就持有天赋才能，高兴有爱丽丝和讨厌自己爱丽丝的人也不少。因为从孩子发现有爱丽丝起，来自爱丽丝学园的劝诱(老师)和打算绑架的人(人口贩卖子)非常多，所以不希望自己的孩子是个爱丽丝的父母较多。
拥有爱丽丝的方法目前确认有两种。一个是像是蜜柑和日向枣一样是父母的爱丽丝遗传的类型，另一个是像萤那样，父母并非爱丽丝而本人却作为爱丽丝出生的类型。是不是有父母是爱丽丝孩子就会作为爱丽丝出生的情况，目前不明。一般认为因为在回想场面安积柚香说“如果我的孩子不是爱丽丝就好了”所以有这种可能性。
爱丽丝学园
保护作为爱丽丝孩子并教育他们为第一目的，初、中、高直升式的全员住宿制学校。高等部与一般学校不同，因为五年制，二十岁才能毕业(但在第3卷23岁的毛利玲生说离开学园已有五年?)。爱丽丝能力者有像安藤翼和原田美咲尚未懂事就被发现，或像行平泉水长大之后才发现自己是爱丽丝能力者，再加上能力出现的时期会根据人也不同，入学时期七零八落。不过，最低入学年龄是三岁。
据说学园的毕业生们结婚的比例是占70%。从国家和大户得到著援助拿相当宽广的地基。从入学到毕业都不能与父母相见也无法通讯。和外面唯一联络方式只有信(但也有像蜜柑那样被盯上，结果寄出的信都被烧掉，或是枣那样不能收家人的信，或像柚香这种被父母抛弃而被拒绝寄信，学园会检查信件内容，萤就曾写过一封一定可以通过检查却超冷淡的信)。
表面是将不擅长控制自己爱丽丝的孩子入学园以保护做为目的，不过，也有像枣一样被逼去做地下工作。
由于不让家人见孩子，还让孩子做危险的工作的事等，因此来自外部与内部的排斥也不少。
但也有不少像Persona、安积柚香、小泉月、茨木野蔷薇等那样因为拥有爱丽丝而被父母无人性地抛弃的孩子。
设置著星阶级制度。干部生(特级星)、三星、二星、一星、无星，各个阶层影响平时的生活待遇和零用钱等。
花园会
中等部校长私有的“花姬”美少女沙龙。校长招待挑选的女学生，举行着每个季节大规模的活动。而被选中的女学生“花姬”每人都会有个花名。主要中等部以上为征选对象。不过，初等部的萤成为候选人。和服的穿着是基本的，而被招待的女学生会有豪华的和服赠与。
抽签方法有被校长发请帖，和抽到玉石的普通女学生。抽签玉石时常被校长反复无常遮住。
校长因为讨厌男人，所以男子绝对是禁止出入。不过，作为特例枣、乃木流架、圣阳一被招呼，条件是以女装。
ZERO
爱丽丝学园敌对的反体制组织。俗称“Z”。为了让感到被爱丽丝学园利用了的毕业生，向爱丽丝学园报复所组成进而组织化。但这事实上是初等部校长的阴谋，希望能继续利用毕业后的危力系学生做事。曾说打算将持有爱丽丝的人解放却诱拐、洗脑，且打算卖掉。
爱丽丝能力班别
潜在能力系
简称“潜力系”。一般人认识的超能力大多数被归入此系，
例如透视眼、预知未来、读心术等。该班别的学生一起上课时的气氛一般。
代表人物：飞田裕、心读君、神野老师
技术系
这班别的学生在制作物品时可以发挥特别能力，
有人甚至可以给所造的物品注入生命，例如可以活动的食物、图画和布偶。 技术系在学园祭的节目很受欢迎。 代表人物：今井萤、园生要、岬老师
体质系
这班别的爱丽丝与拥有者的身体有关，例如吸引其他人和动物的费洛蒙、可以跑得很快的能力或改变身体等。
代表人物：乃木流架、正田堇、鸣海·L·杏树老师
特别能力系
简称“特力系”。这班别的学生归纳不了以上三类的其它爱丽丝能力，
例如无效化、影子操控、增强别人的能力等。该系虽然不太受其他人重视，不过学生们相当团结。
代表人物：原田美咲、殿内明良、野田老师
危险能力系
简称“危力系”。这班别的学生其实来自以上四类，但被学园认为会对学园不利，
以这个借口秘密培育危险能力系的学生成为地下工作员，为学园执行不可告人的危险任务。 学园不愿向外界公开这个系的存在，连文化祭也无法参与。
代表人物：日向枣、圣阳一、小泉月、Persona、野蔷薇
爱丽丝的形式
孩童时期能力者(只有儿时才是能力者)
只有在孩童时期才能产生爱丽丝，一旦长大爱丽丝便会消失了。(代表人物：星野保志雄)
能力寿命很长
爱丽丝只能微量出现，相对地爱丽丝的能力可以持续很长久。(代表人物：野田老师)
能力寿命很短
可以一次爆发出来，但相对体内的爱丽丝能力会递减，最终会消失。(代表人物：日向葵、佐仓蜜柑)
每次使用都会缩短寿命
非常罕见，不知能力的底限，但每次使用爱丽丝均会缩短使用者的寿命，危害健康。(代表人物：园生要、日向枣)
星阶级
无星级
属于被认为无能的一类，或者是被校方觉得学生的爱丽丝对学校没利益的学生。蜜柑刚入学时，因为她的无效化爱丽丝，被神野老师评定她为无星级。
一星级
给予刚入学 / 表现一般的学生。
二星级
给予爱丽丝能力优秀 / 成绩较好的学生。
三星级
给予爱丽丝能力优秀 / 成绩优秀的学生。
特别星级(干部生)
给予爱丽丝能力优秀的学生 / 特殊的爱丽丝学生。
学园每个月向学生发放零用钱，不同星阶级的人所得的钱如下：
无星级：500圆
一星级：3000圆
二星级：5000圆
三星级：10000圆
干部生(特别星级)：30000圆
动画是能得到零用钱的单位不是“圆”，而是拉比特(Rt)。100圆=1拉比特。
