一名女初中生朝雾彩，在学校每天被同学欺凌、在家中又被哥哥虐待，在她精神几乎崩溃之时，被一个名为“魔法少女网站”的诡异网页选中，获得了所谓的魔杖与魔法力量。某天彩又被同学霸凌时，她意外使用了魔杖的力量，导致同学瞬间位移，在异地凄惨死去。
尔后结识了同为魔法少女的奴村露乃，两人发现“魔法少女网站”的重重疑点与自相矛盾的讯息，同时暗处的狩猎者正伺机行动。
而这个魔法少女手杖的能力并非能够无限使用，使用一次使用者的寿命就会减少，当魔法少女手上的纹章完全消失时魔法少女就会死去。彩使用了魔法之后开始出现时空位移现象，还遇到数名同她一样的魔法少女，而且网站还显示着意义不明的时间倒数。于是彩连同另一位同为魔法少女的同学奴村露乃，一起去战斗和解开这个网站的谜团。
故事的设定中一共有18个魔法少女网站，有18个网站管理人也就是至少存在18位或更多的魔法少女，尽管主角意外杀死了同学而拥有罪恶感，但其他的魔法少女也在抢夺魔杖而爆发彼此之间的冲突。
