舞-乙HiME的舞台是以前地球人类移民的行星エアル，以及当时发生的两大战争(十二王战争与龙王战争)。
某夜，温德布卢姆王国的风华宫被入侵，国王与王妃被杀害，服侍国王的乙HiME也失踪了。
14年后，以徒步穿越沙漠的少女爱莉卡.梦宫，为了找寻从出生就马上分离母亲而到了温德布卢姆王国，并带着母亲的信物“苍天之青玉”来到了世界唯一培养乙HiME的学校加尔德罗贝学园。
入境后，爱莉卡偶然遇见了加尔德罗贝学园的预科生妮娜.王和温德布卢姆王国的公主真白.布兰.杜.温德布卢姆，3人突然遭遇到黑团所操控的奴兽攻击，爱莉卡身上的“苍天之青玉”化解了危机。
爱莉卡想尽办法入学，终于成为加尔德罗贝学园的预科生，但过的生活非常苦，有一名匿名的援助着解决了爱莉卡学费的问题，在那之后她不小心与真白闯入了风华宫的地底，发现了古代的超级兵器“古风琴”，紧接着又被黑团的奴兽袭击，所以真白不得不用“苍天之青玉”与爱莉卡定下契约，后来以苍天之青玉的力量打败了奴兽。
后来爱莉卡潜入真祖所在的灵庙，知道了被藏在华丽的乙HiME历史背面的黑暗，“作为战争兵器分成敌我被迫作战了的“乙HiME”的话扰乱了，更发现被妮娜的养父王.塞鲁哥吸引的心情，而爱莉卡也开始犹豫了，另一方面真白遇到了日邦国年轻的君主鸨羽巧海头忠赖，被指出自己没做到的事，一时放弃了作为女王的责任和义务，但因为想起与爱莉卡的约定，看是爱莉卡先成为最优秀的乙HiME，还是自己先成为让大家幸福的女王。
然而阿尔塔公国与黑团进行着计划，先让罗缪勒斯和莱姆斯双方掀起乙HiME之间的战斗，之后又在新风华宫落成仪式时将风华宫动了手脚，毕业纪念舞斗进行时，黑团的总攻击开始进行，结果温德布卢姆王国和加尔德罗贝学园都落到炎风.戴.阿尔塔的手中，并将静留.维奥拉俘虏，奈月.库鲁卡不得已才逃出温德布卢姆王国，逃跑的爱莉卡被她的好朋友埃尔斯特.霍所持有的奴兽挡下，那时爱莉卡才知道塬来那位匿名援助她的人是塞鲁哥，妮娜的嫉妒之火顿时爆发，和失踪已久的贵石“漆黑之金刚石”有了反应，和阿尔塔定下了契约，妮娜攻击爱莉卡的时候，被埃尔斯特挡下攻击，但埃尔斯特却和她的奴兽一起消失了，爱莉卡无法容许杀了埃尔斯特的妮娜，结果互相憎恨……
